Negli ultimi trent'anni, e in particolare nell'ultimo quindicennio, la storiografia sull'Inquisizione romana si è notevolmente sviluppata, producendo nuovi orientamenti e aprendo nuovi settori di ricerca.

I campi di interesse si sono estesi dalla storia della Riforma e del dissenso religioso, della censura, di singole figure celebri quali Galilei e Bruno, alla storia della cultura popolare, della magia e stregoneria, ai casi di santità spontanea fino alle più recenti storie delle minoranze ebree e musulmane. Si sono inoltre avviati studi di storia istituzionale e nel lungo periodo, quali non si erano mai avuti in precedenza, come è emerso in convegni internazionali a Trieste (1988), Roma (1998, 1999), Montereale Valcellina (1999), Roma (2001, 2003, 2008).

Si è anche realizzato un passaggio programmatico dalla storia ecclesiastica alla storia delle procedure giudiziarie negli antichi regimi, alla più generale storia della cultura e della società: passaggio che ha accentuato ulteriormente, attraverso il ricorso alla metodologia critica e al dibattito scientifico, il superamento in corso delle visioni accusatorie o apologetiche dell'Inquisizione (la leggenda nera e la leggenda bianca).

L'apertura dell'Archivio della Congregazione per la Dottrina della Fede, ufficializzata nel 1998, ha rappresentato un momento forte di tale processo, così come sono stati significativi il simposio internazionale sull'Inquisizione organizzato in Vaticano nel 1998 dalla commissione storico-teologica del Grande Giubileo del 2000 e altre iniziative di origine ecclesiastica, quali i seminari internazionali realizzati dall'Istituto storico domenicano sui rapporti dell'Ordine con l'Inquisizione medievale (2002), con le Inquisizioni iberiche (2004) e l'Inquisizione romana (2006).