A fine Cinquecento, l'Università degli ebrei era un organismo comunitario, composto dalle nazioni tedesca, levantina e ponentina. Le tre nazioni erano connotate diversamente dal punto di vista rituale, culturale e socio-economico. Mentre agli ebrei tedeschi era concessa la pratica del prestito e di commerci minori, come quello della strazzaria, i levantini e, in particolar modo, i ponentini erano mercanti con ricchi ed estesi traffici, condizione che riservò loro un trattamento privilegiato da parte della Serenissima e li rese in poco tempo la componente più influente e numericamente importante della presenza ebraica a Venezia. Fu probabilmente per effetto della loro immigrazione che nel 1630 si rese necessario un nuovo ampliamento dell'area abitativa con il Ghetto nuovissimo.
Stando agli statuti contenuti nel Libro grande dell'Università degli ebrei, la comunità era retta da un consiglio deliberativo (Wa'aadh o Vaàd qatan), costituito da sette parnassim o gastaldi, che fungeva da interlocutore con le autorità della Serenissima, e da un'assemblea generale (Qahal o Kaàl gadhol), eletta in base al censo, ovvero al pagamento di una tassa di 12 ducati.
Al di sotto di questi due organismi comunitari, si collocavano le distinte amministrazioni delle cinque scuole: il termine scuola, derivante da schòla, ovvero confraternita, designava sia le sinagoghe come luogo di preghiera che l'adunanza e coordinamento dell'apparato organizzativo della comunità che ad essa faceva capo.
L'organizzazione della scuola, com'è desumibile dai registri sopravvissuti della Scuola italiana (1644 - 1711), oggi non più in possesso della Comunità ebraica, ruotava intorno ad un'assemblea generale: requisiti fondamentali per farne parte erano la frequentazione continuativa ed esclusiva della sinagoga e il pagamento di una tassa. L'assemblea si riuniva per l'elezione degli incaricati, per decisioni inerenti alla sinagoga e alla comunità e, ogni dieci anni, per riformularne lo statuto. I tre parnassim, eletti annualmente, avevano mansioni direttive e amministrative, con particolare attenzione alla riscossione e alla gestione della tassa e delle offerte. Erano affiancati da due segretari (gabbaim) che si avvicendavano di sei mesi in sei mesi nell'arco dell'anno di carica, dal preposto all'olio per l'illuminazione della sinagoga, da quello alle offerte per gli ebrei di Palestina e da un tesoriere (ghisbar), custode della cassa (scrigno). Le due principali cariche retribuite erano quella di ufficiante (hazan), che aveva anche il compito dell'istruzione morale e religiosa, e del custode della sinagoga (sciammasc). Il rabbino non era considerato un "funzionario" della sinagoga: si trattava di una carica onoraria, non stipendiata, la cui autorità andò erodendosi a causa del rigido controllo della struttura comunitaria centrale.
Alle scuole faceva capo, infine, una fitta rete di compagnie o fraterne, denominate dal secolo XVIII anche sovvegni, con scopi assistenziali e devozionali, sempre in rapporto di subordinazione all'ente principale.
L'Università non aveva potere politico né esecutivo, la sua autonomia era rigidamente delimitata dai termini stabiliti dalle condotte, rinnovate ogni decennio, e sottostava al controllo delle magistrature veneziane: in particolare agli Ufficiali al Cattaver spettava la giurisdizione sul Ghetto nuovo, mentre quella sul Ghetto vecchio era demandata ai Cinque savi alla mercanzia. Avevano competenze sul ghetto, in materia di prestito e di questioni finanziarie, anche i Sopraconsoli ai mercanti, la Quarantia criminal e, dal XVIII secolo, gli Inquisitori sopra l'Università degli ebrei.
Nelle sue linee generali, quest'assetto restò immutato sino alla caduta della Serenissima. Nel corso del Settecento, l'Università, colpita da una grave crisi finanziaria, perse gradualmente la sua importanza nel contesto socio-economico veneziano e vide sfumare le differenze esistenti tra le tre nazioni.
La Municipalità provvisoria, che portò all'abbattimento delle porte del Ghetto, e gli avvicendamenti istituzionali che seguirono per circa un ventennio aprirono la strada verso l'emancipazione degli ebrei sul piano giuridico; percorso lineare solo in apparenza, che si rivelò lento e graduale e caratterizzato da una forte differenziazione tra le poche famiglie di possidenti (famiglie de su) e la restante parte della popolazione ebraica veneziana, ascrivibile per lo più a una media e piccola borghesia (famiglie de zo).
Sul piano istituzionale, l'esito di questa stagione di cambiamenti fu la riorganizzazione comunitaria nella denominata Fraterna generale di culto e beneficenza degli israeliti, il cui assetto, determinato dal regolamento del 1828 e riveduto da quello del 1887, restò pressoché immutato per tutto l'Ottocento. Appartenevano alla Fraterna le famiglie dei contribuenti, ovvero di coloro che pagavano regolarmente la tassa del culto. L'ente aveva competenze relative alla conservazione del culto tradizionale - gestione delle spese e istruzione religiosa, alla beneficenza e all'assistenza dei ceti ebraici disagiati.
L'elettorato attivo maschile veniva convocato annualmente in un Capitolo generale; ogni tre anni effettuava l'elezione degli organi di presidenza, denominati Riunite sezioni della Fraterna. Le sezioni si articolavano in: presidenza, composta dal presidente e dai due vice; la direzione per la beneficenza, composta di quattro membri che gestivano la tassa del culto e il bilancio; la direzione della scuola religioso-morale maschile (scuola del Talmud Torah), di tre membri; la direzione della Casa d'industria israelitica, sempre di tre membri; il delegato alle scuole femminili; quattro aggiunti.
Il rabbino capo aveva mansioni inerenti all'ufficiatura e all'istruzione, non aveva voce in questioni di carattere amministrativo, salvo il voto consultivo in materia di beneficenza.
All'inizio dell'Ottocento, facevano capo alla Fraterna generale le cinque scuole principali - le sinagoghe tedesca, Canton, italiana, levantina e spagnola, ciascuna con un proprio capitolo per l'amministrazione delle spese della liturgia e funzionanti per tutto il secolo. Si affiancavano ad esse tre oratori, Meshullamim, Luzzatto e Vivante, che però esaurirono ben presto i loro compiti. Già nel corso del secolo, segno del costante declino del culto nelle sinagoghe veneziane, si prospettò l'unificazione delle liturgie sefardita, ashkenazita e italiana, e nella prima metà del Novecento i luoghi di ufficiatura, denominati allora templi, si ridussero dapprima a tre - le sinagoghe spagnola, levantina e Canton - e infine a uno soltanto (1925).
Come in passato, a questa complessa struttura facevano capo istituti con finalità assistenziali, devozionali e di beneficenza, per lo più dipendenti dalla Fraterna, retaggio della tradizione d'Età monderna e destinati ad una graduale estinzione nel corso dell'Ottocento.
Sebbene raggiunsero il numero di ventidue nella seconda metà dell'Ottocento, cinque furono le opere pie che esercitarono con continuità: la Casa d'industria israelitica, poi denominata Casa di riposo, fondata nel 1844 e amministrata all'omonima direzione della Fraterna generale; il Pio stabilimento Hanau, istituto di beneficenza che sussidiava gli ammalati e erogava contributi spese per l'istruzione e l'avviamento al lavoro, sorto nel 1838 e diretto dal presidente delle Riunite sezioni e dal rabbino; la Fraterna di misericordia e pietà, fondata nel 1830, dipendente dalla Fraterna generale, nonostante avesse un proprio direttivo di nove membri, e preposta all'assistenza medica e ospedaliera degli iscritti e alla gestione cimiteriale; le due pie fondazioni Enrichetta Consolo-Treves e Enrichetta Treves-Treves.
Dalla fine del secolo vennero nascendo, infine, associazioni che promuovevano la sociabilità e l'acculturazione ebraica, quali il Gruppo sionistico, l'associazione Cuore e concordia, il Circolo di Coltura ebraico (dal 1927 denominato Convegno di studi ebraici), la sezione veneziana dell'Associazione delle donne ebree d'Italia.
Agli inizi del Novecento, a partire dai cambiamenti innescati dalla nascita, nel 1911, del Comitato delle Università israelitiche unite, divenuto poi Consorzio delle Comunità israelitiche, venne avviato il processo di riforma della natura giuridica e dei rapporti delle comunità ebraiche italiane con lo Stato che portò ad un ordinamento unitario, entrato in vigore con il R.D. 1730 del 31 ottobre 1930. La legge Falco, così chiamata, uniformò le neonate comunità israelitiche al rango di enti pubblici; allargò i consigli di amministrazione a sei membri, ne aumentò i poteri direttivi, ma ne diminuì la rappresentatività. Dagli anni trenta la Comunità israelitica fu sottoposta al controllo di un commissario governativo.
Con l'entrata in vigore delle Leggi razziali e l'allontanamento di insegnanti e studenti ebrei dalle scuole pubbliche, la Comunità israelitica si fece carico dell'istituzione dell'intero ciclo di studi, comprensivo dell'asilo infantile, che già esisteva come giardino d'infanzia, delle scuole elementari e medie e del liceo scientifico.
La situazione precipitò nell'autunno del 1943, con l'occupazione tedesca e la nascita della Repubblica sociale italiana. Le attività della Comunità furono sospese, in molti cercarono rifugio all'estero, vennero deportati 246 ebrei. Il Ghetto venne sottoposto al controllo di un sequestratario che vigilò contro abusi ed espropri.
Nella primavera del 1945 la Comunità si ricompattò sotto la guida del presidente Vittorio Fano, affiancato dal rabbino capo Elio Toaff, e gradualmente riprese ad esercitare le proprie mansioni. Nella seconda metà degli anni quaranta, grande impegno fu dedicato nei rapporti intercomunitari, nelle attività di ricerca dei reduci dei campi, di supporto alle famiglie e di commemorazione delle vittime. Negli anni cinquanta venne istituito il Museo ebraico, poi intitolato alla memoria di Fano, nato inizialmente come mostra temporanea, divenuta stabile dalla fine degli anni settanta.
Nel corso della seconda metà del Novecento, l'assetto giuridico delle comunità israelitiche stabilito nel 1930 subì alcune modifiche, circa la definizione dell'elettorato e con la caduta di alcune norme restrittive per le adunanze e le ufficiature. Bisogna giungere però al 1989 per vedere ratificata nella legge 101 il testo dell'Intesa tra la Repubblica Italiana e l'Unione delle Comunità Israelitiche Italiane.