Durante il regime fascista al primo ministro furono attribuite ampie funzioni (legge 24 dicembre 1925, n. 2263, sul capo del governo, primo ministro, segretario di Stato). Furono istituiti o riorganizzati degli uffici dipendenti dalla presidenza del Consiglio quali l'Ufficio stampa, la Commissione per la riforma burocratica, la Commissione suprema di difesa, la Segreteria particolare del capo del governo, l'Ufficio legislativo, il Servizio speciale riservato, l'Istituto centrale di statistica, il Comitato di mobilitazione civile, il Comitato permanente del grano, il Commissariato generale per la pesca, il Commissariato per la colonizzazione e le migrazioni interne, il Commissariato per il turismo, il Consiglio nazionale per le ricerche. Tra il 1930 e il 1931 furono posti alle dipendenze della Presidenza la Corte dei conti, il Consiglio di Stato e l’Avvocatura dello Stato. Nel 1944 la Presidenza riacquistò le sue funzioni tradizionali e furono anche istituiti l'Alto commissariato per l'alimentazione, l'Alto commissariato per l'igiene e la sanità pubblica, l'Alto commissariato per la Sardegna. La presidenza acquisì attribuzioni in relazione ai comitati interministeriali e dell'Alto commissariato per le sanzioni contro il fascismo.
Nel 1947 fu istituito il Commissariato per il turismo e nel 1948 la Direzione generale dello spettacolo, il Servizio delle informazioni e l'Ufficio della proprietà letteraria, artistica e scientifica, che vennero a costituire i Servizi per lo spettacolo, l'informazione e la proprietà letteraria, successivamente trasformati in Servizio informazioni e Ufficio per la proprietà letteraria artistica e scientifica.
Fu costituito il Commissariato generale per il governo di Trieste e furono trasferite alla Presidenza del Consiglio le attribuzioni del Comitato giurisdizionale centrale per la decisione delle controversie in materia di requisizione e istituiti alle sue dipendenze l’Ente nazionale distribuzione soccorsi in Italia, l'Ente nazionale assistenza ai lavoratori, un Comitato per le pensioni privilegiate ordinarie, la Commissione revisione dei prezzi dei contratti di pubbliche forniture e il Comitato interministeriale per la ricostruzione. La Costituzione del 1948 stabilì norme relative al Consiglio dei ministri e al presidente del Consiglio agli artt. 92, 93, 94, 95, 96.
Fin dalla prima legislatura furono presentati alla Camera e al Senato disegni di legge di attuazione dell’articolo 95 nel tentativo di normare l’ordinamento della Presidenza del Consiglio. Tale obiettivo si concretizzò con la legge 23 agosto 1988, n. 400 "Disciplina dell'attività di Governo e ordinamento della Presidenza del Consiglio dei ministri", nonché con il D. Lgs. 30 luglio 1999, n. 303, recante "Ordinamento della Presidenza del Consiglio dei ministri".
L'ordinamento delle strutture generali della presidenza del Consiglio dei ministri è disciplinato dal Decreto del presidente del Consiglio dei ministri 1° ottobre 2012.
La presidenza del Consiglio è organizzata in uffici di diretta collaborazione del presidente: strutture generali (dipartimenti e uffici) per assolvere a funzioni di indirizzo e coordinamento relative a specifiche aree politico-istituzionali e strutture generali di supporto per l'esercizio delle funzioni di coordinamento e indirizzo politico generale, nonché per il supporto tecnico-gestionale.