Nel repertorio generale del 1769 delle ville e comuni di tutte le provincie della terraferma, formato sulla documentazione dei Deputati e aggiunti alla provvision del denaro pubblico, Fratta Polesine è riportata con la denominazione Fratta tra le comunità e parrocchie del territorio di Rovigo. Caduta la Serenissima nel 1797, passa sotto la dominazione francese e con la legge della Consulta legislativa del 23 fiorile anno IX repubblicano, che divide la Repubblica italiana in 12 dipartimenti e questi in distretti, il paese è compreso come comune, con la denominazione di Fratta, nel Dipartimento X del Basso Po, con capoluogo Ferrara, Distretto III di Rovigo con capoluogo Rovigo. Il decreto dell'8 giugno 1805 n. 46 sull'amministrazione pubblica e sul comparto territoriale del Regno riporta Fratta nel Dipartimento del Basso Po, Distretto III di Rovigo, Cantone I di Rovigo. Con la sovrana patente del 7 aprile 1815, che istituì il Regno del Lombardo Veneto, il comune con la denominazione di Fratta e le frazioni di Bragola Raimonda, Prespara, Frattesina, Ramedello è assegnato alla neo istituita Provincia del Polesine, Distretto II di Lendinara. Il nuovo compartimento territoriale delle provincie venete, pubblicato con dispaccio 40.285/3. 94 del 2 novembre 1845 e la successiva sovrana risoluzione del 28 gennaio 1853 che definisce il compartimento territoriale delle provincie venete attivato col 1 luglio 1853, riportano Fratta con le frazioni di Bragola Raimonde, Vespara, Frattesina (porzione della parrocchia di Fratta), Ramedello nella provincia di Rovigo, distretto III di Lendinara. Tale stato di cose non viene mutato dalla normativa degli anni seguenti, fino alla fine della dominazione austriaca. In questo periodo i cittadini di Fratta partecipano a diverse imprese belliche di carattere patriottico, tanto che il governo austriaco tenta di riconquistare il controllo del territorio acquartierando a Fratta dal novembre 1859 una divisione del reggimento principe ereditario Alberto di Sassonia. I territori veneti vengono poi annessi al Regno d'Italia ed il comune di Fratta entra a far parte della provincia di Rovigo con il regio decreto del 13 ottobre 1866 n. 3282, col quale è pubblicata e messa in vigore nelle provincie della Venezia e di Mantova la legge elettorale politica del Regno del 17 dicembre 1860 n. 4513. Con regio decreto n. 3807 del 7 luglio 1867 Fratta assume il nome di Fratta Polesine e nel primo censimento del 1871 risulta avere 2.943. Con R. D. 12.11.1911 n. 1263, si rettificavano i confini tra i comuni di Fratta Polesine e di Lendinara mediante permuta di terreni.
La nascita del Fascismo e la sua evoluzione in regime coinvolge direttamente la comunità di Fratta con la barbara uccisione del suo concittadino Giacomo Matteotti, esponente di spicco a livello nazionale del Partito socialista e per diversi anni amministratore del Comune. Il suo corpo riposa nella tomba di famiglia nel cimitero di Fratta Polesine.