Infine, il decreto legislativo luogotenenziale 16 marzo 1946, n. 98 (“seconda costituzione transitoria”), che integrava e modificava il decreto luogotenenziale 25 giugno 1944, n. 151, stabiliva che si decidesse con referendum popolare la forma istituzionale dello Stato e che in caso di voto a favore della Repubblica venisse eletto dall’Assemblea il Capo provvisorio dello Stato. Fissava inoltre i limiti della durata dei poteri della Costituente e l’applicazione del Regolamento della Camera de Deputati del 1900 (con modifiche fino al 1922) fino alla deliberazione di un regolamento interno.
Come primo atto, il 28 giugno 1946, l’Assemblea Costituente elesse il Capo provvisorio dello Stato nella figura di Enrico De Nicola, che sarebbe rimasto in carica fino alla nomina del Capo dello Stato a norma della Costituzione deliberata dall'Assemblea.
L’Assemblea aveva un limitato potere legislativo in materia di legge elettorale del Senato, di Statuti speciali, di legge sulla stampa (art. XVII disp. trans. fin. Cost.), nonché sull’approvazione del Trattato di pace del 1947.
Avrebbe dovuto concludere i lavori entro otto mesi dalla sua prima riunione, avvenuta il 25 giugno 1946, con la possibilità di proroga di non oltre quattro mesi, ma funzionò effettivamente fino al 31 gennaio 1948, grazie alle leggi costituzionali del 21 febbraio 1947, n.1 e del 17 giugno 1947, n. 2 e alla XVII disposizione transitoria della Costituzione per deliberare la legge per l'elezione del Senato della Repubblica, gli statuti delle regioni ad autonomia speciale e la legge per la stampa.
Le sue Commissioni si riunirono fino all’aprile dello stesso anno.