I decenni successivi furono caratterizzati da una serie di tormentati contrasti, talvolta sfociati in episodi bellici, fra il potere vescovile e i conti del Tirolo, mentre a sud premeva il dominio di Ezzelino da Romano. Si apriva contestualmente una fase di collaborazione fra il Capitolo e i conti tirolesi a sfavore dei vescovi di Trento che vedevano erosi i propri poteri dall’autorità comitale. Con l’ingresso in diocesi, a inizio Trecento, prima del vescovo Bartolomeo Querini e, successivamente, del cisterciense Enrico III di Metz, si aprì un lungo periodo di collaborazione fra l’autorità vescovile e il proprio Capitolo, nell’ambito di una politica di appoggio alla famiglia dei Lussemburgo di Boemia; il più significativo segno di unità fra i due poteri fu tuttavia rappresentato, nel 1336, dall’emanazione degli statuti capitolari, promulgati nel corso di un sinodo del vescovo.
Il Capitolo degli anni Cinquanta vide l’ingresso fra gli stalli del coro di nuovi canonici, in sostituzione di quelli morti durante la peste del 1348; frattanto, si andava rafforzando la linea filopapale a scapito delle ingerenze bavaresi nell’episcopato. Era tuttavia ormai venuto meno il ruolo politico che l’istituzione aveva ricoperto nei decenni precedenti.
Nella seconda metà del Trecento i rapporti fra il Capitolo e l’allora vescovo Alberto di Ortenburg appaiono freddi; per niente buoni, se non conflittuali, quelli con l’autorità austro-tirolese (la contea del Tirolo era nel frattempo passata nelle mani degli Asburgo). I nuovi ingressi in cattedrale fra gli anni Sessanta e Ottanta del Trecento non sembrano tuttavia evidenziare una occupazione delle posizioni canonicali da parte di elementi transalpini vicini agli Asburgo; non mancano infatti elementi ‘italiani’, mentre sono i canonici trentini a costituire il gruppo più consistente. Nel 1374 fu scelto quale nuovo decano il trentino Rambaldo de Murlinis che mantenne la carica per circa quarant’anni. Il 29 settembre 1390 i ventuno canonici e il decano affidarono la nomina del nuovo vescovo all’abate di San Lorenzo Bartolomeo da Bologna, il quale scelse il preposito della chiesa di Santo Stefano di Vienna, Georg Liechtenstein.
I primi decenni del Quattrocento rappresentarono per la città di Trento un periodo di accesa turbolenza politica: la rivolta cittadina di Rodolfo Belenzani (1407-1409) aveva infatti aperto al duca d’Austria e conte del Tirolo Federico IV, detto il Tascavuota, margini di influenza sulla città. Le fonti mostrano, almeno in una prima fase, un certo appoggio da parte capitolare alla rivolta cittadina; in un secondo tempo, il Capitolo accettò invece l’egemonia del potere tirolese che tuttavia in seguito avrebbe pesantemente condizionato l’attività dei canonici. Gli stalli in coro furono infatti progressivamente occupati da ecclesiastici vicini al regime tirolese. Con l’arrivo in diocesi, nel 1423, del nuovo vescovo Alessandro di Masovia, il Capitolo trentino vide l’ingresso di canonici vicini al presule, in parte d’origine polacca. Nel 1425 il vescovo soppresse inoltre il monastero benedettino di San Lorenzo presso S. Apollinare, istituendo la Prepositura, dignità assegnata al Capitolo e dotata con i beni del monastero al di là dell’Adige. Gli anni successivi furono ancora contraddistinti da un’accesa tensione fra la città, il vescovo e Federico IV, che culminò in una nuova ribellione antivescovile fra il 1435 e il 1437. In questo contesto il Capitolo appoggiò il proprio vescovo dichiarando l’infondatezza delle accuse mosse dalla città. Alla morte del Masovia, e con l’elezione del vescovo Georg Hack, personaggio vicino all’entourage del figlio di Federico IV, Sigismondo, i canonici si adeguarono ben presto al nuovo corso: decano divenne, dal 1450, Giovanni Sulzpach, mentre nuovi ecclesiastici vicini al Tirolo andarono progressivamente sostituendo i canonici scelti a suo tempo dal Masovia.
Dal 1448, secondo quanto stabilito dal concordato di Vienna, i canonici ottennero nuovamente il diritto di eleggere il proprio vescovo. Ciò naturalmente vide accrescere l’interesse asburgico nei confronti del Capitolo; nel 1474 l’imperatore e il duca d’Austria Sigismondo ottennero dal papa Sisto IV una bolla che imponeva una presenza in Capitolo di almeno due terzi di ecclesiastici provenienti da territori dell’Impero, della casa d’Austria o dalla familia vescovile. A partire dalla metà del Quattrocento il Capitolo trentino fu gradualmente omologato ai corrispondenti enti di area tedesco-imperiale.
La storia dell’istituzione capitolare in età moderna può essere suddivisa in due distinti periodi: fino al primo Seicento vi fu un significativo controllo dei vescovi sul Capitolo, determinato dalla possibilità di scegliere i nuovi canonici. Nel 1580, inoltre, all’indomani della visita pastorale di Lodovico Madruzzo, fu nominata una commissione per gli statuti capitolari.
Con il vescovo Carlo Emanuele Madruzzo (1629-1658) il Capitolo divenne espressione delle istanze locali, con un netto rifiuto per le ingerenze tirolesi e imperiali. In tal modo, fino alla secolarizzazione del Principato vescovile nel 1803, i canonici furono in netta prevalenza d’estrazione locale, in buona misura scelti fra la nobiltà trentina. Parallelamente si andava rafforzando l’autonomia dell’istituzione anche nei confronti dei presuli, tale da suscitare contrasti con l’autorità vescovile a causa di conflitti di competenze (che si acuivano in concomitanza delle visite pastorali). Nel corso del Settecento il Capitolo appare nelle fonti come nucleo difensivo dei diritti del Principato, anche nei confronti di vescovi troppo ‘innovatori’.
Con la secolarizzazione del Principato, nel 1803, il patrimonio capitolare fu requisito, mentre il diritto di presentazione dei nuovi vescovi fu attribuito agli imperatori. Nel 1825 il collegio canonicale fu drasticamente ridotto, passando da 25 a 7 unità (3 dignità – decano, preposito e arcidiacono – e 4 canonici) cui, ancora oggi, è affidata la celebrazione della liturgia in cattedrale. L’attuale disciplina del Capitolo di Trento è normata, dopo l’emanazione del nuovo Codice di Diritto canonico, dallo statuto approvato dall’arcivescovo Alessandro Maria Gottardi nel 1984.