Dopo l'unificazione, sulla scia di un rinnovato spirito nazionalistico, erano sorte varie Società su basi regionali intese a mantenere vivo il culto delle patrie memorie ciascuna in forma autonoma, con propri statuti maturati sulla base delle proprie esigenze in rapporto alle tradizioni e allo spirito della propria regione. Così, anche in Sicilia, l'allora Ministro della Pubblica Istruzione, Antonio Scialoja, inviò nel marzo 1873 al Prefetto di Palermo, Giacomo Medici, una lettera con la quale lo esortava a promuovere in Sicilia delle Società simili. In seguito a tale esortazione, il sindaco, Domenico Peranni, senatore del Regno, riunì i maggiori esponenti della cultura storica siciliana (La Lumia, Pitrè, Carini, Di Giovanni, Di Marzo) e diede l'incarico di preparare uno statuto che fosse di base per una Società culturale che avesse ad oggetto lo studio della storia della Sicilia e la pubblicazione di memorie e documenti. Nacque pertanto la Società Siciliana per la Storia Patria con il compito di illustrare le antiche origini della storia della Sicilia ma anche di far conoscere la storia recente. Gli argomenti trattati furono suddivisi in 3 classi: "entrano nella prima Classe gli studi intorno alla storia civile, letteraria ed ecclesiastica, al diritto patrio pubblico e privato, alla pubblica economia. Appartengono alla seconda Classe gli studi riguardanti l'epigrafia, la diplomatica, l'etnografia, la bibliografia. Spettano alla terza Classe gli studi relativi alla numismatica, alla storia di belle arti ed alla illustrazione dei monumenti artistici.
Nel maggio del 1892, anche per effetto della manifestazione tenutasi a Palermo tra il 1891 e il 1892 in occasione dell'Esposizione universale, con D.R. la Società venne eretta a corpo morale e posta quindi tra gli enti di maggiore interesse pubblico. Ed è proprio in occasione dell'Esposizione universale, durante la quale fu allestita una sala dei ricordi patri dei principali avvenimenti politici risorgimentali in Sicilia, che comincia anche a delinearsi l'idea del Museo da parte di Alfonso Sansone. I cimeli esposti nel 1892 costituirono il primo nucleo del Museo del Risorgimento. E fu lo stesso Sansone che nel 1916 inviò alle Province e ai Comuni una lettera circolare con la quale manifestò il proposito di costituire, presso la Società Siciliana per la Storia Patria, un Museo del Risorgimento nel quale esporre cimeli, decorazioni, medaglie, giornali, stampe, ritratti, ecc, che valessero a testimoniare la larga partecipazione anche della Sicilia al grande avvenimento del Risorgimento italiano, in modo che fosse notevolmente tangibile il contributo dato pure dalla Sicilia al processo di unificazione nazionale.
Con l'ascesa del fascismo, si assiste ad uno stravolgimento del panorama culturale italiano. Una delle prime decisioni del fascismo fu quella di riformare i tradizionali istituti di cultura e di istituirne dei nuovi al posto degli antichi, per meglio uniformarli al nuovo indirizzo politico introdotto dal regime. Con R.D. del 29 giugno 1924, n. 1185, viene fondata a Palermo, con sede presso l'Università, la Regia Deputazione sopra gli studi di Storia Patria (comprendente anche le sezioni di Storia Patria di Messina e Catania che divennero Sezioni della nascente Istituzione) poste alle dirette dipendenze del Ministero dell'Educazione Nazionale. Fu nominato suo presidente provvisorio il professore G. Siragusa e poi per elezione il professore G. Columba. Veniva creata, insomma, una piramide culturale verticistica e centralizzata. Con R.D. del 20 giugno 1935, viene approvato il regolamento per le Regie Deputazioni di Storia Patria e di conseguenza "si intendono abrogati tutti gli statuti e regolamenti interni delle Deputazioni e resta esclusa la possibilità che se ne emanino dei nuovi" (Regolamento per le Regie Deputazioni di Storia Patria, doc. 1 - Ministero della Educazione Nazionale).
Soltanto con la caduta del regime fascista e lo scioglimento della Regia Deputazione (con decreto del 18 ottobre 1943), l'Alto Commissariato per la Sicilia, istituito dal governo alleato, creava l'Istituto di Storia Patria, affidandone l'amministrazione ad un commissario straordinario nella persona di Antonino De Stefano. Conclusasi la fase di incertezza, la Società ritornava alle sue tradizioni con l'autonomia che le era propria secondo il suo vecchio statuto.