A seguito delle decisioni del Congresso di Vienna l'Elba fu riunita al Granducato di Toscana e la sua annessione venne sancita con decreto del 3 settembre 1815. Nell'ambito del nuovo sistema amministrativo dell'isola, stabilito con decreto del successivo 17 novembre, Longone divenne sede di comunità, comprendente anche il territorio di Capoliveri, e residenza di un aiuto cancelliere nell'ambito della circoscrizione della cancelleria comunitativa di Portoferraio. Nonostante le mairies fossero state soppresse il 17 giugno 1814, le istituzioni comunitative precedenti l'occupazione francese ripresero a funzionare solo nel settembre del 1816. Gli uffici restaurati trassero comunque esperienza dalla passata amministrazione, sia riguardo all'accentramento del governo comunitativo, che in materia di previsione finanziaria. All'interno del Magistrato si verificò infatti un forte rafforzamento del potere del Gonfaloniere, nominato da sovrano all'interno di una rosa di nomi scrutinati, su consiglio del Soprintendente della Camera di Sovrintendenza Comunitativa, e in carica per tre anni. Al Gonfaloniere vennero attribuite funzioni di controllo su di un ampio ventaglio di affari comunitativi, che andavano dall'amministrazione del fisco, dall'ordine pubblico all'assetto del territorio. Al Magistrato spettavano l'elezione del camarlingo, in carica per tre anni, e l'approvazione del bilancio di previsione. Il Consiglio, in carica per un anno, si riuniva di regola una sola volta, nel mese di settembre, assieme al Magistrato per eleggere i deputati incaricati della ripartizione della tassa di famiglia e gli impiegati della comunità e per deliberare sull'eventuale apertura di nuove strade. La Comunità venne definitivamente soppressa in seguito all'applicazione della legge comunale e provinciale del 20 marzo 1865.
Longone fu, inoltre, sede di una podesteria civile la cui giurisdizione si estendeva anche ai territori di Capoliveri, Rio e Marina di Rio: il podestà aveva l'obbligo di trasferirsi ogni quindici giorni a Rio per tenervi udienza. Le competenze relative ai procedimenti criminali erano di spettanza del vicario di Portoferraio. La riforma giudiziaria del 1838 soppresse la podesteria di Longone e il territorio di quest'ultima passò alla giurisdizione civile del vicario di Portoferraio; con la susseguente riforma del 1848, Longone tornò ad essere sede di uffici dell'ordine giudiziario in quanto venne costituita, in loco, una pretura civile. Stabiliti gli ingegneri di circondario nel 1825, la comunità dipese dal circondario di quinta classe avente sede in Portoferraio.
Nel 1863 il Comune assunse la denominazione ufficiale di Porto Longone che conservò fino al 1947, anno in cui la mutò in quella attuale di Porto Azzurro. Il territorio comunale subì una sensibile diminuzione quando, nel 1906, si formò il nuovo Comune di Capoliveri.