Seppilli ha attivamente partecipato in Italia alla ripresa unitaria delle scienze sociali, con la Associazione italiana di scienze sociali costituita nel 1957, e alla costituzione dell'antropologia culturale e dell'antropologia medica.
Dal 1955 al 2000 ha insegnato, presso l'Università degli studi di Perugia, etnologia, antropologia culturale, antropologia medica, etnopsichiatria, percorrendoi tutti i gradini della carriera accademica e costituendo, sin dal 1956, il primo Istituto di etnologia e antropologia culturale e, nel 1958, il Centro italiano per lo studio della comunicazione di massa. Ha anche diretto l'Istituto, dal 1998 divenuto Dipartimento uomo & territorio, fino al 2000, anno del suo pensionamento. È stato, inoltre, vice-direttore del Centro interuniversitario di ricerca sullo sciamanismo eurasiatico, con sede centrale nell'Università di Perugia. Per circa dieci anni (1966-1975), infine, su proposta di Eugenio Garin e di Cesare Luporini, ha insegnato antropologia culturale nell'Università degli studi di Firenze. Nel corso di questo lungo periodo ha svolto cicli di lezioni in università italiane e straniere (Spagna, Canada, Messico, Brasile) e in strutture operative o associative.
Nel 2003 ha ricevuto il dottorato honoris causa dalla Universidad Veracruzana, una delle maggiori sedi universitarie messicane.
Dal 1988 è stato presidente della Società italiana di antropologia medica (SIAM) e direttore della sua rivista "AM" e della relativa collana editoriale "Biblioteca di antropologia medica". Dal 1993 è stato presidente della Fondazione Angelo Celli per una cultura della salute di Perugia, che svolge soprattutto in Italia e in America Latina attività di ricerca, progettazione, formazione ed editoria nell'ambito dell'antropologia medica e della sanità pubblica e che conserva il suo archivio.
È stato autore, fra il 1946 e il 2009, talora in collaborazione con altri, di oltre 550 pubblicazioni.
Tullio Seppilli è morto a Perugia il 23 agosto 2017.