La sede del CLN della montagna fu fissata a Farneta, una frazione del comune di Montefiorino.
Obiettivo primario che le forze antifasciste intendevano raggiungere mediante l'istituzione di un CLN specifico per la montagna era la separazione del potere civile da quello militare (che aveva di fatto - attraverso il Comando della Divisione Modena - esercitato anche funzioni di governo durante i quarantacinque giorni della prima repubblica di Montefiorino) e dunque una più efficace gestione dell'ordine pubblico, del vettovagliamento delle forze partigiane e della giustizia.
Per tutto l'inverno e la primavera 1944-1945 l'opera di governo del CLN della montagna si esercitò praticamente sui quattro comuni partigiani modenesi di Montefiorino, Frassinoro, Polinago e Prignano, i cui territori, salvo una breve parentesi dal 7 al 20 gennaio a causa di un rastrellamento tedesco, costituirono il centro della seconda repubblica di Montefiorino. I rappresentanti del CLN e dei quattro comuni si incontrarono tra l'altro nella conferenza della montagna tenuta il 22 febbraio 1945 a Valle di Monchio, una frazione del comune di Palagano.
Oltre a vigilare sul normale funzionamento delle amministrazioni locali mediante la nomina dei segretari comunali, l'esame dei bilanci e varie ispezioni, il CLN della montagna incoraggiò un esperimento di autogoverno locale attraverso l'istituzione delle commissioni frazionali, elette dai capifamiglia e responsabili della gestione dell'assistenza e dell'annona. Il Comitato promosse inoltre la costituzione di quattro stazioni di polizia, dislocate nei diversi comuni sottoposti al suo controllo, e affidò il comando del corpo prima al democristiano Guido Casini, poi al comunista Rino Borghi. Per la stipulazione dei prezzi dei prodotti della montagna il CLN formò un Comitato agricolo, mentre per la riscossione delle imposte fu creata una Commissione finanziaria per la montagna. Il CLN esercitò poi funzioni giudiziarie in materia civile, mentre la competenza giudiziaria in materia penale fu devoluta ad un tribunale militare con giurisdizione su nemici catturati, partigiani e civili. Anche nel settore dell'istruzione il CLN della montagna non mancò di intervenire ordinando la riapertura delle scuole e lo sgombero delle aule occupate dai combattenti. Il Comitato attrezzò e migliorò i due ospedali di Civago (Villa Minozzo) e Fontanaluccia (Frassinoro) che funzionavano al servizio dell'intera zona libera, mentre per il trasferimento dei civili verso l'Italia liberata costituì un posto di tappa e di smistamento a Gazzano (Villa Minozzo).
A partire dalla fine del febbraio 1945 l'attività del CLN della montagna subì tuttavia un sensibile ridimensionamento a causa del rianimarsi dei contrasti tra comunisti e democristiani, che portò tra l'altro alla crisi e alle dimissioni del Comando della Divisione Modena, per cessare definitivamente nei giorni immediatamente successivi alla liberazione della provincia, completata il 23 aprile 1945: l'anomala collocazione intermedia tra il CLN provinciale modenese (che di fatto non aveva mai formalmente riconosciuto la legittimità di un organo ciellenistico per la montagna) e i CLN comunali, determinò verosimilmente il suo precoce scioglimento.