Con l'attivazione dei comuni in base alla compartimentazione territoriale del regno lombardo-veneto, Vairano con Santo Stefano faceva parte del distretto IX di Crema della provincia di Lodi e Crema (notificazione 12 febbraio 1816).
In forza del successivo compartimento territoriale delle province lombarde, Vairano con Santo Stefano era un comune con convocato del distretto IX di Crema della provincia di Lodi (notificazione 1 luglio 1844).
Nel 1853 Vairano (Santo Stefano in questo compartimento risulta aggregata a Vaiano), comune con convocato e una popolazione di 716 abitanti, fu incluso nel distretto V di Crema della provincia di Lodi e Crema (notificazione 23 giugno 1853).
In seguito all'unione temporanea delle province lombarde al regno di Sardegna, in base al compartimento territoriale stabilito con la legge 23 ottobre 1859, il comune di Vairano Cremasco con 707 abitanti, retto da un consiglio di quindici membri e da una giunta di due membri, fu incluso nel mandamento I di Crema, circondario II di Crema, provincia di Cremona.
Alla costituzione nel 1861 del Regno d'Italia, il comune aveva una popolazione residente di 775 abitanti (Censimento 1861). Sino al 1862 il comune mantenne la denominazione di Vairano e successivamente a tale data assunse la denominazione di Vairano Cremasco (R.D. 21 dicembre 1862, n. 1.083). In base alla legge sull'ordinamento comunale del 1865 il comune veniva amministrato da un sindaco, da una giunta e da un consiglio. Nel 1867 il comune risultava incluso nello stesso mandamento, circondario e provincia (Circoscrizione amministrativa 1867). Popolazione residente nel comune: abitanti 852 (Censimento 1871).
Nel 1875 il comune di Vairano Cremasco venne ripartito tra i comuni di Crema e Santa Maria della Croce (R.D. 1° aprile 1875, n. 2420).

I testi sono tratti dal repertorio delle istituzioni storiche del territorio lombardo, Progetto CIVITA.