Il brefotrofio ebbe sempre carattere comunale; infatti era retto da membri scelti dal consiglio cittadino - oltre che dai rappresentanti dei sodalizi che concorsero alla sua fondazione - ed era controllato dalla Comunità per garantire che non venissero introdotti di nascosto nell'istituto trovatelli di altri comuni.
Nel corso degli anni, le finanze vennero scemando, verosimilmente a causa dell'abusiva esposizione di orfani da parte di altri comuni che non concorrevano a finanziare l'istituzione - pratica favorita dall'introduzione del sistema della ruota - e, forse, per la mancata vigilanza da parte degli incaricati dell'amministrazione.
Il dissesto finanziario obbligò il pontefice Pio VI ad inviare, nel febbraio del 1784, monsignor Giuseppe Vinci, nella veste di delegato apostolico, al fine di "Brephotrophiam Fabrianesis Civitatis novis legibus ac statutis instaurare ac illud amplioribus proventis donare".
Monsignor Vinci, grazie alle amplissime facoltà concessegli dal breve del pontefice, stabilì innanzitutto pene particolarmente severe al fine di garantire l'esclusione di esposti provenienti da territori extra comunali. Tolse poi ogni giurisdizione sul pio luogo alle confraternite e ai sodalizi della città, ricostituendo la reggenza amministrativa con nuovi elementi. Inoltre soppresse numerosi sodalizi, case monastiche, istituti, devolvendo in perpetuo i capitali a vantaggio dell'istituto ed istituì tasse annuali una tantum a carico dei monasteri dei benedettini, camaldolesi, olivetani, agostiniani, dei luoghi pii e monti frumentari della città e del territorio, fino ad ottenere a favore dell'istituto una rendita annua di 1600 scudi. Infine, grazie alle facoltà attribuitegli con altro breve pontificio del 6 ottobre 1784, annullando tutti i precedenti decreti e consuetudini che regolavano il Conservatorio delle esposte, redasse un nuovo insieme di regole, che furono pubblicate e divennero esecutive il 25 novembre del 1784.
Ricostituite così le finanze e riorganizzato l'istituto, nel 1785 furono accettati gli esposti della vicina Matelica, mediante cessione a favore dell'istituto fabrianese del canone annuo pagato fino ad allora dal Monastero di Santa Maria Maddalena di Matelica a favore del Brefotrofio di Camerino. Fu così, ad iniziare da questa data, che il Brefotrofio di Fabriano accolse in maniera regolamentata esposti provenienti da altri comuni.
Tuttavia, già nel 1794, a fronte del crescente numero di trovatelli, si rese necessario per monsignor Zoppetti adottare nuovi provvedimenti. Con decreto di visita del 2 agosto 1794, rettificò le tasse già imposte da Vinci a favore del Brefotrofio, aumentandole ed estendendole anche a confraternite ed università delle arti e mestieri.
All'inizio del XIX secolo anche altre comunità ottennero, dietro il pagamento di compensi contenuti, di poter usufruire del Brefotrofio di Fabriano. Nel 1819, però, per decreto della Segreteria di Stato, fu imposto un carico generale per garantire sussidi ordinari al Brefotrofio: i comuni di Genga, Pierosara, Matelica, Serrasanquirico per la frazione di Domo e Fabriano con i suoi appodiati, furono così gravati di una quota annua. Il Comune di Fabriano si oppose al provvedimento e, dimostrando come si dovesse l'origine dell'istituto alla municipalità e come esso fosse dotato di beni immobiliari prima dell'aggregazione di altri comuni, chiese che gli fosse riconosciuto il contributo alla formazione del capitale originario. Il Comune, però, perse la causa, discussa innanzi alle congregazioni ecclesiastiche romane, e di conseguenza la natura dell'istituto si mutò da comunale a diocesana. Quanto alla reggenza amministrativa, conclusasi l'attività di monsignor Vinci, essa venne assunta dal vescovo pro tempore, in qualità di delegato apostolico.
Nel primo Regno d'Italia il Brefotrofio fu posto sotto la giurisdizione della neo istituita Congregazione di carità napoleonica. Ripristinato il governo pontificio, ne assunse la reggenza e la tutela l'autorità ecclesiastica, anche se il municipio seguitava ad esservi rappresentato da propri incaricati.
Nel periodo postunitario l'amministrazione dell'Ospedale fu affidata alla Congregazione di carità e da questa, per decisione del consiglio comunale, fu delegata ad una commissione speciale, approvata con r.d. del 19 gennaio 1871. La commissione era composta di tre membri, compreso il presidente, nominati dal consiglio comunale di Fabriano, e di due altri eletti dal consiglio comunale di Matelica; ma i comuni utenti di Sassoferrato, Genga e Serrasanquirico per Domo presentarono un reclamo alla superiore autorità per ottenere di avere anch'essi una propria rappresentanza nella commissione. Con atto del 12 marzo 1891 fu così determinato che la commissione dovesse essere composta da rappresentanti dei soli comuni rientranti nel territorio della diocesi, decidendo contestualmente l'uscita di Sassoferrato e di Genga, comuni che non avevano alcuna partecipazione patrimoniale.
In merito alle modalità di gestione interna ed alla cura degli esposti affidati a terzi, per lungo tempo rimasero in vigore le regole imposte da Vinci nel 1784, anche se furono introdotte numerose modifiche alle norme per l'allevamento degli esposti.
Alla direzione laica dell'istituto fu sostituita quella delle Suore di carità; si riformarono gli uffici interni, limitando al diciottesimo anno la permanenza delle alunne nel conservatorio; fu ristretto a lire 100 il sussidio dotale per matrimonio delle esposte, con facoltà di effettuare un prelevamento di lire 25 per quelle che fossero uscite dall'istituto per recarsi a servizio, onde fornirle del necessario corredo; fu ceduto alle alunne un terzo sul profitto dei lavori.
Miglioramenti furono apportati all'interno del fabbricato, ingrandendo i dormitori. L'aumento dello spazio consenti di aumentare il numero delle ricoverate, la cui media dal 1861 al 1874 fu di quarantasette, e dal 1874 al 1890 di trentacinque. Furono istituiti gli insegnamenti didattici in conformità delle prescrizioni e dei programmi governativi, ma venne mantenuto sempre il lavoro dei telai, come più consono alla condizione delle ricoverate e più redditizio per l'istituto.
Per quanto riguarda la modalità di presa in carico degli esposti, dal 1873 si iniziò a scoraggiare l'uso della ruota, il cui utilizzo cessò del tutto nel 1881, con l'introduzione dell'istituto della "presentazione", attuato da uno speciale ufficio di consegna. Il mantenimento delle esposte, che fino al 1873 si limitava, con poche eccezioni, al nono anno, venne esteso al dodicesimo. Nel 1876, con deliberazione del 13 settembre, venne portato al sedicesimo anno per i maschi e al diciottesimo per le femmine, grazie all'introduzione di una nuova "tariffa di assegni": L. 7 dalla nascita al diciottesimo mese di età; L. 6 dal diciottesimo mese a tutto il nono anno; L. 5 dal nono anno a tutto il diciottesimo; L. 4 dal dodicesimo a tutto il sedicesimo; L. 3 dal sedicesimo a tutto il diciottesimo per le sole femmine. Gli esposti riconosciuti inabili al lavoro e quelli affetti da malattie croniche od incurabili, passata l'età di custodia, vennero sussidiati a vita con speciali rette che variavano dalle quattro alle venti lire mensili.
Il patrimonio dell'opera pia al 31 dicembre 1867 era di lire 271,473.83; al 31 dicembre 1891 di lire 284,587.96.
Non sappiamo con esattezza fino a quando il Brefotrofio fu in attività e se passò in gestione all'ECA al momento della soppressione della Congregazione di carità. La documentazione rinvenuta ne attesta l'esistenza almeno fino al 1901.

(tratto dall'inventario di Allegra Paci)