La figlia Isabella, moglie di Federico d'Aragona portò il ducato alla casa reale e il marito lo governò fino al 1496, quando divenne re di Napoli.
Dopo la conquista del regno di Napoli da parte del re di Spagna Ferdinando il Cattolico nel 1504, Andria venne assegnata al "Gran Capitano" Consalvo di Cordova e poi al nipote Fernando Consalvo II. Nel 1552, la città fu ceduta per 100.000 ducati - insieme con Castel del Monte - al conte di Ruvo Fabrizio Carafa, il cui figlio Antonio ottenne il titolo di duca di Andria dal re di Spagna Filippo II. Sino alla fine del XV sec. Andria visse periodi alterni come città "regia" (demaniale) e città "infeudata" (feudale).
Fu lo spagnolo Consalvo di Cordova a dotare il feudo di una università "infeudata", ossia quella istituzione preposta a gestire i rapporti tra famiglie nobili e feudatario. La sede dell'Universitas era nel palazzo ducale dove lo stesso regnante eleggeva a voce i pochi membri e, con lo ius subelectionis et confirmationis, sceglieva fra tre candidati il Sindaco, rappresentante dei membri dell'Università. Oltre al sindaco erano designati il cancelliere ed archivista, il tesoriere o banco, il camerlingo o camerlengo, ed altre.
Nel XVII secolo la città fu sotto il dominio dei Carafa, in continuo conflitto con il vescovo e il capitolo della Cattedrale, con il quale la famiglia divideva il possesso della maggior parte delle terre.
Nel 1753 i Borbone di Napoli fecero stilare il "Catasto Onciario", dal quale emerse che il Duca Carafa possedeva oltre 4.800 ettari di terra e che il vescovado possedeva oltre il 40% dell'agro andriese (cfr. www.iporro.it/storia.htm#par2).
Nel 1790 nuove leggi borboniche soppressero alcuni antichi privilegi baronali di cui il Duca d'Andria aveva fatto largo uso.
Nello stesso momento storico l'Università, per alleviare il peso fiscale sulla cittadinanza, chiese l'abolizione delle "gabelle minute", sostituite dall'abolizione delle franchigie di cui godevano gli ecclesiastici - tra le più importanti, la gabella della farina - che avvenne il 4 luglio 1796, dopo un lungo contenzioso con il Capitolo della Cattedrale (Petrarolo P., Andria dalle origini ai tempi nostri, Sveva Editrice, Andria 1990, p. 104).
Nel maggio del 1797 la città fu definitivamente strappata all'appannaggio baronale del duca Riccardo Carafa. Nel chiostro della chiesa di San Domenico si riunirono 667 capi famiglia per eleggere liberamente il sindaco e gli "eletti deputati del Parlamento dell'Università". L'Università di Andria stabiliva così di avere una sede per i "pubblici parlamenti" e per "l'archivio", dichiarando di sottrarsi al potere degli illustri possessori del feudo costituendosi in "civico governo". Il "sindaco", gli "eletti" e tutti gli altri ufficiali della città, pertanto furono eletti non più dall' "illustre Feudatario, utile Possessore della Città", ma da tutti i capifamiglia in liberi comizi popolari (Petrarolo 1990, p. 104).
Furono eletti dunque tre decurioni per il ceto nobile, tre decurioni per i civili e dodici decurioni per il popolo.
Gli altri ufficiali erano: un cancelliere, un sindaco del banco, un camerlengo, un avvocato dell'Università, un avvocato dei poveri, un percettore dell'ospedale, due priori dell'ospedale, due giudici annuali, due catapani, due soprapenali, due portolani, due deputati della pandetta, due moderatori dei proventi, un esattore dei proventi, due ingegneri e portolani, due deputati dei conti del Monte di pietà. All'epoca il Decurionato si riuniva nella Camera della Corte ducale (Archivio storico comunale di Andria, Conclusioni del Parlamento, vol. I).
In seguito al fallimento della rivoluzione napoletana, per la sua fedeltà a Ferdinando IV, Andria ottenne il titolo di città regia, oltre all'esonero decennale dalle contribuzioni fiscali e dal reclutamento militare, in modo da permettere alla città la ricostruzione.
All'inizio del XIX, riferisce il Giustiniani, la popolazione di Andria crebbe fino ad arrivare a 13.402 abitanti. (Giustiniani L., Dizionario geografico ragionato del Regno di Napoli, Bologna 1969, ristampa anastatica del 1797-1805, p. 190).