La città nel periodo medioevale è dotata di una cinta di mura con quattro porte, è sede dell'abate del monastero benedettino di S. Maria, di una chiesa matrice, del vescovo dal 1413. Ha un' intensa attività commerciale e artigianale. Il vasto territorio della contea di Nardò corrisponde con quello su cui l'abate del monastero di S. Maria esercitava la giurisdizione spirituale e temporale.
Dal 1148 fino al 1212 la contea viene devoluta al regio demanio, essendo stata presa da Ruggero II, re di Sicilia. Nel 1212 Federico II di Svevia la concede a Scipione Gentile. Nel 1269 ritorna al demanio regio e concessa nel 1270 da Carlo d'Angiò a Filippo de Tuziaco.
Nel 1283 ritorna alla Regia corte e nello stesso anno risultano esserne possessori i coniugi Guglielmo Chinardo e Mobilia dei Cotogni, ai quali succede l'anno successivo, Giovanni de Cancellario (Candilliaco).
Nel 1292 Carlo II d'Angiò dona la città di Nardò con il Principato di Taranto a suo figlio Filippo; a questi succede nel 1332 il figlio Roberto, nel 1364 suo fratello Filippo e nel 1374 la sorella Margherita, coniugata con Francesco Del Balzo, duca di Andria, ed il figlio di questi Giacomo del Balzo.
Nel 1376 la contea viene aggregata al Principato di Taranto dalla regina Giovanna I e donata al marito Ottone di Brunswich, dopo la morte di Luigi d'Angiò.
Nel 1383 Carlo III d'Angiò-Durazzo concede la contea a Carlo Ruffo, vicerè e giustiziere del regno, che la tiene fino alla morte.
Nel 1400 Raimondello del Balzo Orsini, prende il principato di Taranto e ne è signore fino alla sua morte, avvenuta il 17 gennaio 1406. Giovanni Antonio, succede al padre nel possesso del principato ma ne viene privato dalla regina Giovanna II. Ne ritorna in possesso con l'acquisto fatto da Maria d'Enghien, vedova di Raimondello, per conto del figlio Giovanni Antonio del Balzo Orsini.
La contea di Nardò, esclusa dalla vendita, viene concessa invece a Luigi Sanseverino nel 1415; a questi succede nel 1435 il figlio Tommaso, che è costretto a fuggire nel 1438 lasciando la città a Giovanni Antonio del Balzo Orsini, principe di Taranto. Alla sua morte, nel 1463, succede la figlia naturale Maria Conquista, che porta in dote la contea al marito Anghilberto Del Balzo, sposato lo stesso anno.
Nel 1484 Anghilberto è privato della contea per aver patteggiato con i veneziani, mentre Nardò, privata del titolo di città, ha le mura rase al suolo e aggregata, come casale, alla contea di Lecce.
Alla morte di Anghilberto succede il figlio Raimondo Del Balzo, il quale ottiene nel 1495 conferma del feudo da parte di Carlo VIII, re di Francia e nel 1497 da parte di Federico d'Aragona.
Lo stesso anno Raimondo viene privato della contea che viene donata a Bellisario Acquaviva d' Aragona con il titolo di marchese; viene elevata a ducato da Carlo V, confermata con diploma del 1517.
Alla casata degli Acquaviva resta in proprietà fino al 1806. L'ultimo utile signore di Nardò è Giovanni Geronimo, succeduto al padre Giulio Antonio nel 1805.
L'amministrazione della città è stabilita dai "capitoli" concessi o confermati dai proprietari del feudo; dai capitoli datati 11 maggio 1491 si desume che questa è retta da un solo sindaco; nella seconda metà del secolo XVI, la città è, invece, amministrata da due sindaci, uno per la parte dei nobili, l'altro dei popolani. Con i sindaci vi sono dodici eletti, esponenti dei due ceti e gli auditori, due per i nobili e due per il popolo, che intervengono nelle cose dell'università per deliberare in presenza del governatore e del commissario detto "di redenzione". Le disposizioni riguardanti i regolamenti di polizia locale, la disciplina dei mercati, la pubblica sanità, l'annona, i pesi e le misure, i dazi e le gabelle, che forniscono le principali entrate della città, sono stabiliti dai capitoli della "bagliva", già citati nei transunti dal 1373. Si ha una stesura completa dei capitoli del 1558 in una convenzione tra l'università ed il procuratore del duca Gerolamo Acquaviva del 3 settembre 1650, redatta dal notaio Sabino De Magistris di Galatone. Altri ufficiali eletti annualmente in Nardò sono il soprabaglivo, il giudice, il camerlengo, il mastrogiurato. Accanto agli ufficiali cittadini vi sono quelli che rappresentano il sovrano o il duca, il capitano, il baglivo, il mastrodatti.