In base alle pergamene pervenute nel Libro dei Privilegi di Putignano all'inizio del XII secolo la storia di Putignano è strettamente legata a quella del Cenobio benedettino monopolitano di Santo Stefano. Il monastero, infatti, nel 1107 su istanza dell'abate Benedetto, aveva ricevuto da Boemondo I principe di Antiochia privilegi e donazioni di terre, tra le quali, anche se non esplicitamente citato, era compreso il territorio di Putignano, come dimostrano le piante topografiche redatte dal Regio Tavolario Gioacchino Avellino insieme con Raffaele Minervini nel 1800 [cfr. Archivio di Stato di Bari (d'ora in poi ASBa), Atti demaniali, b. 92, fasc. 1052; MOREA, op. cit., I, pp. 257-258; D'ITOLLO, op. cit., pp. XXI, LXXXIII, LXXXVII].
Nel 1195, il monastero, con privilegio di Enrico VI di Svevia, veniva compreso nel demanio imperiale e posto sotto la protezione diretta dell'imperatore. Il privilegio veniva esteso a tutte le proprietà del Cenobio tra le quali figurava, questa volta con riferimento esplicito, anche Putignano. Con il provvedimento imperiale si sanciva «l'esenzione per l'abate, i suoi confratelli ed i sudditi dell'abbazia dall'obbligo di fedeltà a qualsiasi autorità laica ed ecclesiastica diversa da quella dell'imperatore e dei suoi eredi; [la] conferma di tutti i privilegi concessi al monastero dai precedenti sovrani [...], l'esenzione dal pagamento del plateatico nei paesi e negli altri possessi del monastero; [la] conferma dell'esenzione da tutte le forme di servizio militare, per terra e per mare [...]; [la] concessione all'abate del diritto di ricorrere direttamente all'imperatore ai suoi legati, vicari e cancellieri, mentre per la parte ecclesiastica il monastero avrebbe potuto e dovuto rispondere direttamente al papa o ai suoi legati e cardinali» [cfr. D'ITOLLO, op. cit, p. XCVIII-XCIX].
Ciò che a noi preme sottolineare del provvedimento è il contemporaneo svincolo dalla soggezione dei conti di Conversano che la protezione imperiale implicava; in tal modo veniva superato quanto era stato disposto dal diploma del 1169 emesso da Roberto II di Basunvilla, conte di Conversano e conte palatino di Loretello in Molise [cfr. D'ITOLLO, op. cit., pp. LV, XCII-XCV ].
Il 13 giugno del 1317 papa Giovanni XXII inviava da Avignone al Gran Maestro dell'Ordine di San Giovanni d'Acri una lettera in cui sanciva la soppressione dell'abbazia benedettina di Santo Stefano, le cui proprietà venivano affidate all'Ordine di San Giovanni (poi detto di Rodi ed infine di Malta) [cfr. Biblioteca Nazionale di La Valletta, MNL, Arch. 13, n. 4, D'ITOLLO, op. cit., p. CVIII].
Ben presto, però, l'Ordine di San Giovanni dovette fare i conti con le continue usurpazioni territoriali perpetrate da Gualtieri VI duca d'Atene, di Brienne, di Lecce e signore di Conversano che terminarono nei primi anni della seconda metà del 1300 quando Gualtieri, prossimo alla morte, dispose per volere testamentario che Putignano ed altri territori tornassero in possesso dell'Ordine [cfr. D'ITOLLO, op. cit., p. CXIX].
Importante per capire gli obblighi feudali di Putignano nei confronti dei Gerosolimitani di Santo Stefano è il documento dato a Monopoli il 27 maggio 1416 [Inserto nella pergamena datata 7 luglio 1516, conservata nell'Archivio Comunale di Putignano con segnatura B 11]. L'atto riportava la nomina da parte del Precettore di Santo Stefano di tre procuratori i quali dovevano recarsi subito «ad terram Potiniani», per ricevere, secondo la consuetudine del Regno, dai cittadini dell' 'Universitas' rappresentati dal Sindaco, il «sacramentum fidelitatis et homagii ac assecurationis», cioè l'omaggio feudale e l'assicurazione formale di fedeltà dei sudditi. I procuratori, definiti «generales procuratores, actores, factores, negotiorum gestores, iconomos et nuntios speciales» del precettore, dovevano raccogliere, a nome di questi, dal sindaco di Putignano la decima (esazione della decima parte sulla produzione complessiva) sugli alimenti, sul vino, sugli animali da latte, tutti i diritti di bagliva (relativi cioè alle carni, ai grassi e alla farina) e del forno; veniva specificato anche l'importo del censuo anno da doversi pagare il 26 dicembre giorno della festa di S. Stefano. Il sindaco si impegnava a rispettare questi obblighi attraverso un documento scritto, pena la confisca di tutti i suoi beni e di quelli dell' 'Universitas'.
I tre precettori ebbero anche competenza in materia giudiziaria [cfr. D'ITOLLO, op. cit., pp. CXLI-CXLIV, 70 e ss.].
Dalla prima metà del '600, Putignano fu amministrata da un governo aristocratico formato dai capifamiglia appartenenti ai tre ceti: dei nobili, degli artigiani e dei contadini [cfr. R. MARASCELLI, Putignano, Guida storica, III ediz. a cura di P. Mezzapesa, Putignano, Radio, 1979, pp. 49-52].
L' 'Universitas' di Putignano rimase feudo dell'Ordine dei Cavalieri di Malta, a cui successe l'Ordine delle Due Sicilie, sino al 1806, quando ai sensi della legge del Regno di Napoli n. 130 del 2 agosto fu abolita la feudalità.