Nel 1785, all'epoca delle riforme attuate da Pietro Leopoldo di Lorena, il Monastero di Santa Maria Maddalena e il Conservatorio del Refugio, come altri monasteri senesi, furono laicizzati e trasformati in conservatori ai fini educativo e assistenziale delle ragazze. A Siena, aderirono alla riforma anche i monasteri delle domenicane di Santa Caterina del Paradiso e delle gesuate di Santo Stefano in Vallepiatta. Per questo motivo e per creare un Conservatorio ricco e capace di ottemperare allo scopo che il granduca gli aveva affidato, i conservatori di Santa Maria Maddalena, di Santa Caterina del Paradiso e di San Sebastiano furono unificati ed ebbero sede in quello che era stato il Monastero di Santa Maria Maddalena.
Il Conservatorio delle Derelitte, a partire dal 1785, ospitò una scuola per fanciulle esterne, quello di Monn'Agnese era stato riunito al Refugio già nel 1783 per l'educazione delle "dame", quello di San Girolamo fu destinato all'educazione delle "persone del secondo ceto", prima del passaggio a quello di Santa Maria Maddalena, in via di costituzione. Fino all'Unità d'Italia operarono dunque il Refugio per l'educazione delle fanciulle nobili; Santa Maria Maddalena per le fanciulle di "civile condizione", e San Girolamo per le donne maritate, le vedove e le ragazze "particolari" che nel 1856 furono trasferite presso le Suore della carità e il cui patrimonio passò ai Conservatori riuniti solo nel 1909.
Nel 1867, con la definitiva soppressione delle corporazioni religiose, i conservatori senesi proseguirono nella propria vocazione educativa. Il Conservatorio di Santa Maria Maddalena istituì una Scuola normale femminile nel 1884, trasformata nel 1923 in Istituto magistrale; sotto la guida di Luciano Banchi iniziò il mutamento dell'educandato in un convitto scolastico, poi effettivamente realizzata dal suo successore Icilio Bandini. Il progetto di riunione coinvolse in seguito anche il Conservatorio del Refugio e dopo un'aspra battaglia per deliberare quale dei due conservatori dovesse lasciare i propri locali alla Scuola normale, il ministro Boselli deliberò la fusione dei due istituti che avrebbero avuto sede nei locali del Refugio di San Raimondo. Le Scuole normali ebbero sede nell'edificio dell'ex Conservatorio di Santa Maria Maddalena.
Il decreto di Umberto I, del 4 gennaio 1891, ratificò la fine di ogni polemica e la nuova sede dei Conservatori nell'edificio del Refugio fu inaugurata il successivo 20 novembre. Nel 1892 il patrimonio dell'ex Conservatorio di San Girolamo fu dato in gestione ai Conservatori riuniti, poi fuso definitivamente nel 1909.
Oltre all'attività scolastica per l'istruzione elementare, al convitto per le alunne delle scuole cittadine e al pensionato per le donne che dovessero risiedere a Siena per motivi di studio, in collaborazione con il Comune di Siena, i Conservatori aprirono un Istituto Magistrale con giardino d'infanzia. Nel dopoguerra, una volta superate le difficoltà economiche grazie alla locazione di alcuni locali all'Università per la Facoltà di lettere e filosofia e alla vendita del Palazzo di San Galgano, nel 1976, furono ristrutturati gli edifici di via del Refugio come pensionato per le universitarie.
Nell'anno 2006 è nata la Fondazione in nome dei Conservatori Riuniti di Siena che ne ha ereditato i beni mobili e immobili, tra cui la chiesa di San Raimondo al Refugio, che mantiene e valorizza, e che ha assunto finalità culturali, di sostegno alla cultura, all'istruzione e alle iniziative sociali. Il pensionato è gestito in collaborazione della Scuola Superiore Santa Chiara.