Con la riforma giudiziaria del 1802, Pescaglia rimase sede di Vicaria anche se il Commissario perse le funzioni giurisdizionali, con territorio comprendente le sezioni di Arsena, Batone, Convalle, Fiano-Fondagno, Frenello, Gello, Loppeglia, S. Martino in Freddana, Monsagrati, Albiano, Antigiano e Crasciana, Torcigliano di Monsagrati, Pascoso, Piegaio e San Rocco. Con decreto del 24 aprile 1806 gli vennero tolte le sezioni di Antigiana e Crasciana, San Martino in Freddana, Albiano, Torcigliano di Monsagrati e Monsagrati, aggregate alla Vicaria di Camaiore, e quella di Ansana passata al comune di Borgo a Mozzano.
Con la restaurazione e a seguito della nuova organizzazione delle comunità del Ducato di Lucca ordinata con decreto del 28 ottobre 1818, il territorio della Vicaria di Pescaglia, termine che d'ora in poi designarà soltanto la comunità, venne a comprendere i territori di Ansana, Batone, Castello di Colognora in Val di Roggio, Villa a Roggio, Convalle, Monsagrati, Fiano, Fondagno, Frenello, Gello, Loppeglia, Motrone, Pascoso, Piegaio, San Rocco, Arcigliano di Monsagrati, Vetriano e Fabbriche di Vetriano. Con successivo decreto del 25 settembre 1821 la Vicaria di Pescaglia venne soppressa ed il suo territorio ripartito fra le comunità limitrofe di Lucca, Borgo a Mozzano e Camaiore. Pescaglia venne compresa nella Comunità di Lucca. Il primo gennaio del 1838, a seguito del decreto del 30 giugno dell'anno precedente, la Vicaria di Pescaglia venne ripristinata con territorio comprendente le sezioni di Batone, Convalle, Fiano, Frenello, Loppeglia, Piegaio, Ansana, castello di Val di Roggio, Villa a Roggio, Fondagno, Gello, Motrone, Vetriano e Fabbriche, Pascoso e San Rocco in Torrita. Con decreto del 21 marzo 1843 le sezioni di Monsagrati e di S. Martino in Freddana vennero staccate da Lucca e tornarono alla Vicaria di Pescaglia. Nel 1848, quanto il ducato venne incorporato nel Granducato di Toscana, Pescaglia mantenne la sua autonomia amministrativa.
Il 2 gennaio 1799 i francesi occuparono lo stato lucchese: cominciò un periodo travagliato per la storia politica della Repubblica fino alla costituzione del Principato Lucchese, assegnato a Pasquale felice Baciocchi consorte di Marianna Elisa Bonaparte. Importanti mutamenti si ebbero anche in campo amministrativo: nel 1801 il territorio fu diviso in quattordici Vicarie: del Borgo, del Bagno, di Camaiore, di Capannori, di Castiglione, di Compito, di Coreglia, di Gallicano, di Minucciano, di Montignoso, di Nozzano, di Pescaglia, di Viareggio e di Villa. Una trasformazione radicale si ebbe con la Costituzione del 1801, con la quale si suddivise il territorio lucchese in tre Cantoni, circondari amministrativi: del Serchio, con capoluogo Lucca, del Littorale, con capoluogo Viareggio,degli Appennini, con capoluogo Borgo a Mozzano. Il governo francese segnò la nascita delle Giudicature di Pace (1802), organismi che amministravano la giustizia criminale e civile, di Lucca, Capannori, Nozzano, Compito, Villa Basilica, Pescaglia, Borgo, Bagno,Gallicano, Castiglione, Coreglia, Minucciano, Camaiore, Viareggio e Montignoso. Il 13 maggio 1806 il territorio lucchese venne suddiviso in tre Prefetture: Lucca, Massa e Castelnuovo, a loro volta suddivise in Cantoni. Con decreto del 26 gennaio 1806 Pescaglia fu dichiarata capoluogo di Comunità ed il suo territorio ampliato rispetto all'estensione originaria. Il 29 ottobre i commissari di Cantone vennero aboliti e per ogni Comune venne nominato il maire. Soppressi i giudici di Pace, le loro competenze furono trasferite ai commissari di Governo. Nel 1807 vi fu una ulteriore definizione dei Cantoni:Lucca, Capannori, Compito, Camaiore, Viareggio, Villa Basilica, Coreglia, Borgo a Mozzano, Bagno, Pescaglia, Minucciano, Gallicano. Il Cantone del Borgo fu diviso nei Comuni di Borgo, Diecimo, Valdottavo e Corsagna; ogni Comune a sua volta fu distinto in Parrocchie. Nel 1808 i Cantoni furono aboliti e furono creati tre Circondari: Lucca (con a capo un Prefetto e un vice prefetto), Castelnuovo e Massa (con a capo un vice prefetto).
Il 14 marzo 1814 Elisa Baciocchi abbandonò Lucca, da quella data lo stato di Lucca fu retto da un governo provvisorio che durò in carica fino al 10 giugno 1817, data del Trattato di Vienna, che assegnò la sovranità dello stato lucchese ai Borboni.
Successivamente venne ripristinata la vecchia comunità lucchese. Il 5 ottobre 1847 Carlo Lodovico rinunciò al Ducato che passò sotto la sovranità del granduca di Toscana Leopoldo II. Il 14 ottobre 1847 il Ducato di Lucca venne ceduto al Granducato di Toscana, e ne seguì le vicende politiche fino al suo inserimento nel Regno d'Italia.
Infine la legge del 20 marzo 1865 n. 2248, che regolamentava le funzioni dei Comuni all'interno del nuovo Stato unitario, segna la nascita del moderno Comune di Pescaglia. L'ente ha prodotto, organizzato e conservato i suoi atti separatamente da quelli antecedenti il 1865, che sono confluiti nel fondo preunitario.