Nel 1846, nell'ambito dell'ottavo Congresso degli scienziati italiani che si tenne a Genova, una commissione riferì in merito al manicomio. Nella relazione furono apprezzate la struttura e il funzionamento, ma fu giudicata negativamente l'ubicazione centrale nel contesto urbano.
Con la legge comunale e provinciale del 20 marzo 1865, n.2248, all. A, le spese per la cura dei malati di mente furono poste a carico delle Province italiane.
Nel 1876 il Consiglio provinciale valutò la possibilità di acquistare il Manicomio di via Galata, nel quale erano ricoverati 591 alienati, mentre 204 si trovavano nell'Ospedaletto degli Incurabili e una decina a Pammatone. Nel 1878 una commissione composta dai dottori Tamburini, Biffi e Pini decretò la chiusura dell'edificio di via Galata, ormai inadeguato sotto il profilo igienico e sanitario oltre che sovraffollato, al punto che vi erano ammalati ospitati ovunque, anche nei corridoi e nei ripostigli.
Nel frattempo, per rimediare alla cronica carenza di posti letto, si fece ricorso a diverse succursali. La provincia affittò la nuova costruzione del San Raffaele di Coronata e vi trasferì da via Galata 350 degenti. Altri 135 ammalati furono ricoverati in un edificio sito a Bolzaneto.
Negli anni successivi furono progettati e realizzati i due grandi manicomi di Genova-Quarto (aperto nel 1895) e di Cogoleto (aperto nel 1911). Alla fine del 1912 il Manicomio di via Galata fu svuotato completamente e demolito; gli ammalati furono per la maggior parte trasferiti negli istituti di Cogoleto e Quarto mentre alcuni furono mandati al Manicomio di San Lazzaro a Reggio Emilia e pochi al Ricovero di mendicità della Doria di Struppa.