Il fascismo volle regimentare diversamente la presenza delle pubbliche assistenze e, con il R.D. 84 del 12 febbraio 1930, sciolse tutte le associazioni prive di riconoscimento giuridico (quello previsto per le Ipab - Istituzioni di pubblica assistenza e beneficenza) e ne trasferì le competenze alla Croce rossa, ulteriormente burocratizzata e parastatale, in una logica funzionale al potere. Poste così sotto la tutela prefettizia, le pubbliche assistenze persero il riferimento istituzionale federale e videro soppressi i loro statuti: i consiglieri direttivi erano nominati dal Prefetto, che così poté esercitare una forma di controllo sul corpo sociale. Nel 1933 la Federazione fu sciolta ed il suo patrimonio fu assorbito dalla Croce rossa italiana. Il 21 dicembre 1946 si ricostituì la Federazione ad opera delle pubbliche assistenze sopravvissute allo scioglimento. Negli anni del dopoguerra esse rifiorirono in una caratterizzazione anti-militarista dando una precisa funzione d'indirizzo politico alla Federazione che, intanto, aveva spostato la sua sede da Spoleto a Roma ed infine a Firenze. Nel primo Congresso, tenutosi in quell'anno a Milano, fu approvato lo Statuto, fu scelta la sede federale, in Milano, e fu eletto il nuovo Consiglio.
Nel corso degli anni Cinquanta e Sessanta si fecero varie ipotesi di modifica dello Statuto del 1946: il nodo rimaneva quello della restituzione della personalità giuridica (si pensi ai numerosi contatti avuti in proposito col ministero della salute), essendo stato lo scioglimento degli anni Trenta non una libera decisione ma un'imposizione coercitiva.
A partire dal 1961 lo Statuto della Federazione richiese l'approvazione mediante DPR. Le modifiche statutarie successive al primo Statuto furono quelle del settembre 1975 (Assemblea di Rapallo) e del maggio 1979 (Assemblea di Asti), entrambe approvate con DPR n. 950 del 5 dicembre 1983. Con la modifica dello Statuto del 1975 si trasferì la sede da Milano a Roma. Nell'Assemblea di Lerici del 1987 un nuovo Statuto (approvato con DPR 7 settembre 1989) stabilì la nuova denominazione in Anpas - Associazione nazionale pubbliche assistenze. Nel 1999, col nuovo Statuto (GU 22.02.1999) si è rivisto il modello organizzativo per adeguarsi alle trasformazioni sociali e politiche in corso, cogliendo le opportunità offerte dal riordino dello Stato sociale.
A livello nazionale Anpas svolge alcune funzioni di direzione, rappresentanza politica e promozione di grandi servizi e progetti; a livello locale i Comitati regionali (già Unioni fino al 1989, poi Sezioni fino 1997) o interregionali (consentiti tra regioni limitrofe qualora una di esse non abbia le associazioni necessarie per costituire un Comitato) assumono un ruolo di coordinamento delle pubbliche assistenze e di definizione dei rapporti istituzionali con gli enti locali. La partecipazione diretta delle associate al Congresso nazionale consente un loro più diretto coinvolgimento nel dibattito e nella elaborazione degli obiettivi e del piano di lavoro del movimento e rafforza la relazione tra Anpas nazionale e le singole associate. Il Congresso è un organismo snello e composto da rappresentanti di ogni singola realtà regionale e da una componente elettiva per assicurare una visione unitaria del movimento. Il Congresso del 2005 (49°) ha sancito la centralità del socio nel movimento Anpas e l'importanza del tesseramento nazionale per dare la rappresentanza e l'identità unica al patrimonio umano che forma le associazioni. La sede legale ed amministrativa è a Firenze.