Il ritorno degli austriaci nel 1814 e il sussidio della congregazione municipale risollevò le sorti economiche del teatro pur determinando lo stretto controllo degli austriaci sull'amministrazione del teatro in cambio dei finanziamenti erogati. A partire dal 1817 alle convocazioni sociali furono ammessi con diritto di voto un rappresentante politico della delegazione provinciale, a volte affiancato da un consigliere di provincia della Corona che dal 1830 fu sostituito dal podestà di Venezia. Nel 1836 un incendio distrusse il teatro. La Fenice fu riaperta al pubblico il 26 dicembre 1837.Durante la risorta repubblica di San Marco (1848-49) il teatro rimase chiuso. Nel 1859 la società decise la chiusura del teatro che fu riaperto solo nel 1866 assumendo una posizione ostruzionistica nei confronti del governo austriaco. Nel 1868 fu approvato il nuovo regolamento sociale che confermava al sindaco di Venezia il diritto d'intervento alle convocazioni visi i sussidi accordati al teatro dal municipio lagunare. Il 9 aprile 1893con un ulteriore nuovo statuto, la società era rappresentata da una direzione composta da tre soci in carica per un triennio rinnovabile che esercitavano l'ufficio collegialmente. Durante la prima guerra mondiale il teatro rimase chiuso . Dal 1926 al 1929 il regolare svolgimento degli spettacoli fu garantito dall'attività del Comitato pro Fenice. Nell'ultima seduta del 25 ottobre 1935 l'assemblea dei soci deliberava di donare al comune di Venezia il teatro la Fenice trasfondendo la proprietà piena ed assoluta degli immobili costituenti il teatro stesso.