Durante la parentesi del dominio francese il Comune fu ascritto dapprima al dipartimento del Circeo, cantone di Sermoneta (1798-1799) e poi al dipartimento di Roma, circondario di Tivoli, cantone di Sermoneta (1810-1815). Con la Restaurazione e la riforma del 1816 Cisterna tornò luogo baronale appartenente alla provincia di Marittima e campagna, delegazione di Frosinone, governo distrettuale di Terracina; nel riparto territoriale del 1827 compare podesteria dipendente dal governo di Genzano, distretto di Roma, Comarca di Roma e nel riparto del 1831 dipende dal governo di Velletri, distretto e Legazione di Velletri. Dopo l'annessione al Regno d'Italia appartenne alla provincia di Roma sino al 1934 allorchè passò alla neoistituita provincia di Latina. La bonifica del territorio, iniziata già durante il dominio pontificio, ebbe un forte impulso dopo il 1919, con la vendita da parte di Leone Caetani di gran parte delle sue proprietà alla Società Bonifica Pontina; da allora la zona venne popolata con inserimento di lavoratori, addetti prima alla trasformazione del territorio, poi ai nuovi insediamenti agricoli ed industriali. In periodo bellico Cisterna subì gravi danni in seguito ai bombardamenti del gennaio 1944.