In questi anni l'Accademia venne anche individuata come l'istituto più idoneo a conservare le opere d'arte provenienti dagli enti ecclesiastici soppressi e dalle magistrature pubbliche veneziane e ad ospitare le statue della Galleria Farsetti. Lo scopo principale di questa concentrazione fu quello di assicurare una raccolta didattica completa per la formazione degli studenti. Artefice dell'operazione fu Leopoldo Cicognara che evitò che molte opere venissero trasportate al Louvre di Parigi e alla Pinacoteca dell'Accademia di Belle Arti di Brera. Nel 1817 furono aperte al pubblico le Gallerie il cui patrimonio venne successivamente incrementato con acquisti e donazioni; nel 1879 la loro gestione si separò da quella della Scuola. Accanto alla didattica, alla promozione e alla conservazione delle opere d'arte, l'Accademia svolgeva funzioni di supervisione sui pubblici monumenti e sui restauri a Venezia e nell'intera regione.
Nel 1838 il segretario Antonio Diedo, facente funzioni di presidente alla morte di Cicognara, inaugurò la scuola di paesaggio affidata a Francesco Bagnara e avviò la scuola di anatomia, prevista fin dal 1803. Lo statuto e il nuovo regolamento pubblicati nel 1842 sotto la presidenza di Francesco Galvagna portarono sensibili modifiche all'organizzazione scolastica e amministrativa ribadendo che accanto allo scopo di promuovere le belle arti, l'Accademia doveva dare pareri e consulenza al Governo su quanto atteneva i monumenti pubblici. Ulteriori innovazioni furono introdotte da Pietro Selvatico nel 1849, tra le quali il disegno del nudo alla luce naturale, lo studio di tutti gli stili, non solo di quelli greco e romano, per gli architetti e la possibilità di scegliere la città in cui svolgere l'alunnato; per gli ingegneri, inoltre, furono previsti due anni di lezioni di architettura una volta terminati i tre anni all'Università, dando così grande impulso allo studio dell'architettura. Molte di queste innovazioni ebbero vita breve; Selvatico fu costretto a dimettersi e ad essere sostituito da una commissione formata da due professori e da un ispettore delle Gallerie.
Fino al 1878 il Collegio degli accademici e la Scuola costituivano un'unità: al primo spettava il compito di sovrintendere al buon funzionamento della seconda. Con lo statuto emanato dal ministro De Sanctis il presidente rimase unico ma la scuola, ovvero l'Istituto di belle arti, venne affidata ad un direttore eletto dal consiglio dei professori. Il Collegio formato da "accademici di merito" residenti o corrispondenti e dagli "accademici d'onore", anche non artisti, continuava ad essere consultato per ogni quadro da restaurare a Venezia e per qualsiasi questione artistica.
La scissione tra Collegio ed Istituto si accentuò nel 1879 con l'affidamento della Soprintendenza delle Gallerie al Collegio. Il decreto del 13 marzo 1882 stabilì che Gallerie, le Pinacoteche e i Musei archeologici annessi alle Università, alle Accademie e Istituti di belle arti avessero una propria amministrazione. Sarà Giulio Cantalamessa che, ottenuta la direzione delle Gallerie nel 1895, si occuperà del loro riordino.
I primi anni del secolo scorso non furono facili: il Collegio perdeva sempre più di importanza e raramente veniva consultato, nel 1907 furono sospesi i festeggiamenti per il centenario e inviato un Commissario da Roma; tra le note positive, venne inaugurata la scuola libera d'incisione nel 1912-1913 e affidata al professor Brugnoli. Durante la prima guerra mondiale l'Istituto rimase aperto per i pochi studenti rimasti a Venezia e nel 1918 il presidente Giovanni Bordiga preparò un nuovo regolamento sulla base di quello del 1878, prevedendo l'istituzione di un Liceo artistico e una maggior attenzione alle materie culturali. Sempre per iniziativa di Bordiga, nel 1926 venne istituita la Scuola superiore di architettura di Venezia (seconda in Italia, dopo quella di Roma), che contava 27 iscritti. Accanto a Bordiga, docente di geometria descrittiva, vi insegnavano Guido Cirilli (composizione), Guido Sullam (decorazione), Brenno del Giudice (architettura minore), Giuseppe Torres (restauro dei monumenti e architettura sacra), Augusto Sezanne (disegno ornamentale) e Pietro Paoletti (storia dell'arte e dell'architettura).
Nel 2005 l'Accademia veniva trasferita dalla vecchia sede della Carità al complesso cinquecentesco dell'Ospedale degli Incurabili alle Zattere, appositamente restaurato.
Oggi l'Accademia è regolamentata dalla legge 508 del 1999 del Ministero della Pubblica Istruzione che ne sancisce il livello universitario, così come i Conservatori di musica.