La storia di Ceccano nel corso del XIV e XV secolo è legata alla complessa situazione della Campagna, normalmente posta sotto il controllo del Pontefice, ma sempre più roccaforte delle nobili casate romane. Ai primi del '400 e per tutto il secolo Ceccano fu annessa alla contea dei Caetani di Fondi e ancora dal 1501 al 1503 divenne dominio del giovane Rodrigo Borgia. Nel 1504 i Colonna ottennero la contea di Fondi e occuparono Ceccano che venne regolarmente infeudata nel 1523 da Clemente VII a Prospero Colonna, conte di Fondi. I Colonna mantennero saldo il dominio del territorio, tranne brevi parentesi, per ben due secoli. Alla prima metà del '500 dovrebbe risalire la redazione dello statuto deperdito della città più volte citato nei Libri dei Consigli; il 13 aprile 1610 Marcantonio Colonna concesse la revisione dello statuto, il cui esemplare, conservato fino al 1948 presso la Segreteria comunale, risulta attualmente disperso.
Durante la dominazione francese Ceccano fu capoluogo di Cantone, dapprima ascritto al Dipartimento del Circeo, poi al Dipartimento del Tevere, Circondario Frosinone.
In seguito alla rinuncia ai diritti feudali negli anni della Restaurazione e alla riforma del 1816, Ceccano da Luogo Baronale divenne Governatorato appartenente alla Delegazione di Frosinone, Distretto di Frosinone, con giurisdizione estesa ai centri di Arnara, Giuliano, S. Stefano e Patrica (ante 1827).
Nel 1844 Gregorio XVI elevò il comune al rango di città.
Dopo l'annessione al Regno d'Italia, avvenuta nel 1860, Ceccano venne ad essere compreso nella provincia di Roma per passare poi, nel 1927, alla neoistituita provincia di Frosinone.