La scuola doveva rispettare rigorosamente gli orari, i programmi e le disposizioni dell'E.N.I.M.S., Ente Nazionale per l'insegnamento Medio e Superiore, a cui era associata (si conserva parte della corrispondenza con questo ente cfr. U.A. 653).

Dall'inizio fino alla chiusura ne fu segretaria Mila Momigliano.

Nella disgrazia della discriminazione che furono costretti a subire, i giovani che si trovarono a frequentare la scuola poterono tuttavia approfittare della presenza, come insegnanti, di alcuni insigni fuoriusciti dai migliori istituti cittadini e dalle facoltà universitarie. Fra tutti vale la pena ricordare Arnaldo Momigliano, storico, che successivamente emigrò in Inghilterra dove trovò accoglienza presso l'università di Cambridge.
E ancora Emanuele Artom, storico e letterato di valore, che seppur molto giovane fu tra i migliori insegnanti della scuola. Appena poté si gettò nella lotta clandestina; catturato dai nazifascisti ed imprigionato, morì in carcere per le torture subite. Gli fu conferita la medaglia d'argento al valore militare; a lui è intitolata la scuola media che da allora continua ad operare.

Dopo il 1942, i frequenti allarmi aerei determinarono delle riduzioni di orario nella scuola ebraica come in tutte le altre scuole cittadine.
La cantina della scuola offriva un rifugio. Durante il bombardamento del 21 novembre 1942 uno spezzone incendiario cadde sul tempio distruggendolo, insieme agli uffici della comunità. Parte dell'attività scolastica continuò nei locali dell'orfanotrofio, ma ben presto la scuola media con il ginnasio e il liceo tornarono in via S. Anselmo.
La notte del 13 luglio un secondo violento bombardamento si abbattè sulla scuola, distruggendola in gran parte.

Dopo l'8 settembre 1943 per decreto del regime anche le scuole private vennero proibite agli ebrei e la scuola ebraica dovette chiudere.
Alla fine di settembre i fascisti fecero un'incursione nella scuola, asportarono tutti i libri che trovarono nelle classi e ne fecero un falò in via S. Anselmo.

Solo dopo la guerra, nel 1946, poterono ricominciare a funzionare la scuola materna, la scuola elementare e la scuola media inferiore, tutte fornite del riconoscimento legale.
Nel dopoguerra assunse l'incarico di preside la professoressa Amalia Segre, madre di Emanuele Artom.

Materiale relativo alla scuola media si conserva anche nella sottoserie "Amministrazione congiunta scuole materna, elementare e media".