Dopo l'8 settembre 1943 Trieste è occupata dalle truppe tedesche e posta, insieme alla Venezia Giulia, alla provincia di Udine e alla Slovenia ex-italiana, sotto il diretto controllo del gauleiter di Carinzia Friedrich Rainer. Questi, il 23 ottobre 1943, nomina Coceani prefetto della provincia di Trieste con autorità sugli altri prefetti della regione. Da prefetto riesce a ottenere dalle autorità germaniche una limitazione delle concessioni agli slovenofoli, l'arruolamento di una guardia civica formata esclusivamente da italiani, e il permesso di costituire un reparto della Guardia di finanza operativo in tutta la provincia di Trieste. Nei confronti dell'allestimento del lager della Risiera di San Sabba, dei rastrellamenti e delle decimazioni compiute dai tedeschi Coceani ha invece un atteggiamento di acquiescenza. Nei giorni precedenti la sollevazione di Trieste contro i nazisti, Coceani cerca invano un accordo con il CLN locale per unire i partiti italiani in funzione antislava e cercare di arginare con le armi l'avanzata di Tito. Il 30 aprile 1945, all'arrivo dell'esercito jugoslavo in città, Coceani abbandona Trieste. E' contumace quando, nel 1946, viene condannato per collaborazionismo, ma nel 1947 la Corte di assise di Trieste lo scagiona da tale accusa. Tra il 1955 e il 1963 è direttore amministrativo del quotidiano economico «Il Sole». Negli ultimi anni di vita si dedica interamente agli studi storici, alla memorialistica e al giornalismo.