Come per le altre sezioni italiane, un'importante cesura nella storia istituzionale del Servizio Idrografico fu per la Sezione di Genova l'emanazione della legge 183/1989, con cui vennero istituiti diversi Servizi Tecinci Nazionali, tra cui quello Idrografico e Mareografico. Il Decreto del Presidente della Repubblica 24 gennaio 1991, n. 85, "Regolamento concernente la riorganizzazione ed il potenziamento dei Servizi Tecnici Nazionali Geologico, Idrografico e Mareografico, Sismico e Dighe nell'ambito della Presidenza del Consiglio dei Ministri, ai sensi dell' art. 9 della legge 18 maggio 1989, n. 183" si occupava in maniera più specifica del Servizio Tecnico Nazionale Idrografico e Mareografico.
In virtù di questo Decreto, le Sezioni autonome del Genio Civile vennero trasformate in Uffici compartimentali: l'Ufficio Idrografico e Mareografico di Genova aveva competenza sui bacini con foce sul litorale ligure dal confine italo-francese al Magra e nel tratto costiero compreso tra la foce del Magra ed il confine italo-francese. L'Ufficio Idrografico provvedeva al rilevamento, validazione, archiviazione e pubblicazione delle grandezze climatiche, idrologiche e idrografiche interessanti il reticolo idrografico superficiale e sotterraneo, le lagune, il clima marittimo, i livelli marini e i litorali, con la finalità di descrivere i fenomeni climatici, idrologici e marittimi in rapporto alle necessità della difesa del suolo ed alle proposte di utilizzazione delle risorse idriche.
L'Ufficio espletava le sue competenze con una serie di attività, di cui vengono elencate le principali: rilievo sistematico ed elaborazione delle grandezze relative al clima terrestre, ai corsi d'acqua, ai deflussi superficiali, al trasporto solido, ai deflussi sotterranei e delle sorgenti, al clima marittimo, allo stato dei litorali ed ai livelli marini; provvedeva alla pubblicazione sistematica degli elementi osservati ed elaborati; provvedeva inoltre alla pubblicazione di cartografie tematiche; esaminava ed esprimeva parere sulle domande di grandi derivazioni e sui progetti di opere civili idrauliche e di bonifica di competenza statale; infine, collaborava con le regioni, gli enti competenti e le amministrazioni locali, alla tutela delle acque dall'inquinamento mediante l'accertamento della misura della quantità e della qualità dei corpi idrici.
Come già detto, con il Decreto Legislativo 31 marzo 1998, n. 112 "Conferimento di funzioni e compiti amministrativi dello Stato alle regioni ed agli enti locali" fu disposto che gli Uffici periferici del Dipartimento per i Servizi Tecnici Nazionali fossero trasferiti alle Regioni ed incorporati nelle strutture regionali competenti in materia. Il trasferimento fu reso operativo dalla seduta del 24 maggio 2001 della Conferenza Stato-Regioni, che ha per oggetto l'"Accordo tra il Governo e le Regioni ai fini dell'attuazione dell'art. 92, comma 4 del Decreto Legislativo 31 marzo 1998, n. 112, concernente il trasferimento alle Regioni degli uffici periferici del Dipartimento dei servizi tecnici nazionali - Servizio Idrografico e Mareografico (SIM)".