Dal 1383 al 1439 la carica di visconte della Valle del Topino fu esercitata dai Trinci, signori di Foligno: durante il vicariato di Corrado Trinci, nel 1434, furono emanati gli statuti che, con successivi aggiornamenti, rimasero in vigore fino al 1816.
Durante tutto il Medioevo la popolazione rimase prevalentemente stanziata nella zona collinare e l'insediamento a valle fu riservato soprattutto a coloro che traevano profitto dal transito sulla via Flaminia, come albergatori e riparatori di carri. Dalla seconda metà del 1400, con il probabile scopo di garantire un'autonomia economica ai valligiani, venne istituita la fiera di San Bernardino, che si svolgeva alla confluenza del fiume Topino con il Fosso dell'Anna, nelle cui vicinanze era stata edificata anche la chiesa di San Pietro de Cerqua. Cerqua divenne il nome del villaggio sorto a cavallo della via Flaminia, corrispondente all'attuale borgo di Valtopina, ed il toponimo, presente fino al secolo scorso nella cartografia ufficiale, è tuttora usato dai suoi abitanti. Fino al 1800 il castello del Poggio mantenne la sua funzione di sede amministrativa.
Nel 1816 e 1817 Valtopina è appodiato del Governo di Nocera, mentre dal 1827 è comune autonomo, sede di un podestà. Dal 1833 è comune unito al governo di Nocera.

Nel 1860 Valtopina entrò a far parte del Regno di Sardegna prima e d'Italia poi e successivamente seguì le vicende ammnistrative ed istituzionali degli altri comuni italiani.
Dal 1927 al 1947 fu aggregata al Comune di Foligno, ma nel 1948 riconquistò la sua autonomia comunale.