Fino al 1820 Montefalco mantenne un governo a base popolare, rappresentato da quattro priori, il primo della terra, gli altri del contado.
Ottenne il titolo di città dal pontefice Pio IX nell'aprile 1848. Vennero istituiti due consigli: di credenza e generale. Il primo era formato di soli nobili e si occupava di affari correnti; il secondo, cui partecipavano tutti i ceti in numero non inferiore a quaranta, compresi i trenta rappresentanti del contado, si occupava di affari più importanti nella vita della Comunità.
Questo assetto politico e amministrativo durò fino all'avvento della Repubblica romana, che durò a Montefalco dal febbraio del 1798 all'agosto del 1799: in tale perdiodo la città fu sottoposta al Cantone di Trevi, sottoposto al Dipartimento del Clitunno, con capoluogo Spoleto.
La "liberazione" avvenne il 9 agosto del 1799 per opera dell'esercito austro-aretino, ma la restaurazione pontificia ebbe breve vita; infatti dal 1809 al 1814 Montefalco fece parte dell'Impero francese. La nuova municipalità era amministrata da un maire, da un primo ed un secondo aggiunto e dal consiglio. Capoluogo di Cantone era sempre Trevi, subordinato amministrativamente al Circondario di Foligno, sede di sottoprefettura, a sua volta dipendente dal Dipartimento del Trasimeno, con capoluogo Spoleto.
Alla fine del gennaio del 1814 i francesi si ritirarono dal territorio umbro.

In seguito alla nuova restaurazione vi fu un riassetto della pubblica amministrazione, l'artefice fu Pio VII: con il nuovo ordinamento i tre castelli di Fratta, San Luca e Fabbri furono tolti alla dipendenza di Trevi e appodiati a Montefalco, dipendente dalla Delegazione apostolica di Spoleto. Montefalco era sede di governo di secondo ordine, subordinato al Governo distrettuale di Spoleto, a sua volta compreso nella Delegazione di Spoleto e Rieti. Il Comune era amministrato da un consiglio, organo deliberativo, e da una Magistratura organo esecutivo.
La riforma amministrativa continuò sotto il pontefice Gregorio XVI e con l'editto del prosegretario di Stato, cardinale Tommaso Bernetti del 5 luglio 1831, fu previsto un nuovo riparto territoriale, che introdusse delle modifiche nelle circoscrizioni dei comuni e soprattutto delle province. Spoleto e Rieti, nuovamente separate, divennero capoluoghi delle rispettive province e Montefalco rimase sotto Spoleto.
Dal febbraio al luglio del 1849 Montefalco fu sottoposta al governo della seconda Repubblica romana; il 28 luglio del suddetto anno monsignor D'Andrea, commissario straordinario pontificio nella Delegazione di Spoleto, ripristinava il Governo pontificio. Dopo quest'ultima restaurazione rimase in carica un Governatore.

Nel 1860 nei giorni 4 e 5 novembre, in seguito all'unità d'Italia, ebbe luogo il plebiscito per l'annessione dell'Umbria al Regno d'Italia, mentre un decreto del 6 novembre applicava all'Umbria le leggi ed i regolamenti sulla leva militare obbligatoria. Con il regio decreto 17 dicembre 1860 l'Umbria fu ufficialmente annessa al Regno d'Italia.
Con le elezioni comunali e provinciali indette per il giorno 11 novembre, secondo quando prescritto con decreto dal commissario generale straordinario Gioacchino Napoleone Pepoli, si nominarono venti consiglieri comunali e un consigliere provinciale per il consiglio provinciale di Spoleto da parte di 126 elettori, compresi tra Montefalco e le frazioni di Fabbri, Fratta e San Luca.
Il 18 novembre 1860 il consiglio comunale, proclamato con regio dispaccio 15 novembre 1860, n. 1190 dal regio commissario di Spoleto, si riunì sotto la presidenza del membro più anziano, Antonio Zampolini, per proclamare nel suo seno, e ai sensi dello stesso decreto regio, la giunta municipale, organo esecutivo di tre assessori più il sindaco, come prescritto dagli articoli 88 e 225 della L. 23 ottobre 1859.
Montefalco già dall'Unità appartenne alla Provincia dell'Umbria con capoluogo Perugia e al Circondario di Spoleto, sede di sottoprefettura, e fu capoluogo di Mandamento.
Al momento dell'applicazione delle leggi fasciste sulle amministrazioni locali a Montefalco fu dapprima sindaco e poi podestà Francesco Bechelloni.
Ai sensi dei provvedimenti emanati dal Governo militare alleato (AMG) dal 4 dicembre 1943 al 16 agosto 1944, Montefalco passò in mano al commissario capo della Provincia, Alberto Franchi; dal 17 agosto al 16 novembre 1944 furono nominati i commissari straordinari Michele Mattioli e Salvatore Marzano. Tra quest'ultimo e il nuovo sindaco Antonio Baciocchi, infine, ci fu un formale passaggio di consegne il 17 novembre 1944, su indicazione dell'AMG di Foligno, con giurisdizione su Montefalco.
Da queste date in poi a Montefalco, come in quasi tutti i comuni umbri, non si registrano più modifiche amministrative di particolare rilievo.