Secondo i registri di entrate ed uscite i rettori della Congregazione erano inizialmente quattro e venivano eletti per sorteggio annualmente; insieme ad essi erano nominati due camerlenghi e un depositario che si occupavano della gestione delle finanze. Dal 1534 i rettori divennero tre, eletti ogni due anni, mentre rimase un solo camerlengo. La figura del camerlengo scomparve a partire dal 1561, sostituita dall'"operario", il più delle volte un sacerdote, scelto dai rettori. I primi rettori della Congregazione furono Biagino di Ladislao degli Atti, Giovan Battista Sardolo, Cera Leoni, Benedetto di Francesco Oddi.
Nel 1528 furono acquistate varie case nell'area adiacente il tempio per costruire un ospedale per i pellegrini e gli infermi che arrivavano da ogni parte d'Italia. Alla metà del XVII secolo ne venne costruito un secondo poiché l'afflusso dei pellegrini aumentava.
Nello stesso anno papa Clemente VII stabilì che la chiesa poteva essere amministrata e retta esclusivamente dai confratelli laici della Congregazione già istituita, nonostante le forti pressioni esercitate dal clero per inserirsi nella gestione della Fabbrica. La Congregazione doveva, tuttavia, eleggere ogni anno un "cardinale protettore" che avrebbe svolto la funzione di mediatore con il Santo Padre.
La costruzione del Tempio della Consolazione venne ultimata nel 1607. Successivamente l'attività dei confratelli si indirizzò soprattutto verso la gestione del patrimonio immobiliare che, insieme alle donazioni e alle offerte, raggiungeva valori elevatissimi e garantiva un introito costante di denaro.
La Fabbrica della Consolazione possedeva numerose proprietà, terreni, casolari e botteghe in città, che concedeva in affitto. Il possedimento più vasto era la tenuta di Petroro.
Nel corso del Settecento venne gradatamente abbandonata l'attività di assistenza e ricovero degli ammalati non più remunerativa e venne avviata l'attività alberghiera.
A partire dal XVIII secolo la Congregazione cominciò ad avere qualche difficoltà economica e di gestione, legate soprattutto alle spese straordinarie necessarie al mantenimento e al consolidamento della chiesa.
Con l'istituzione della Congregazione di carità di Todi, l'opera pia, ormai denominata Istituto della Consolazione, perse la sua autonomia gestionale.
Con il r.d. 20 luglio 1864 venne costituita su alcune sue proprietà la Colonia agricola destinata ad educare e mantenere in convitto fanciulli poveri, figli di contadini di Todi.
Lo statuto fu approvato con r.d. 29 ottobre 1868.
Nel 1937 passò in gestione all'Ente comunale di assistenza di Todi e, nel 1939, venne decentrato negli Istituti riuniti di beneficenza di Todi.
Gli scopi iniziali si modificarono con il passare degli anni. Da ultimo potevano individuarsi nel mantenimento, presso la Scuola agraria Ciuffelli di Todi, di sei alunni provenienti da famiglie di agricoltori poveri residenti nel Comune, nell'erogazione di un modesto contributo alla stessa scuola e, soprattutto, nel mantenimento del Tempio della Consolazione e del culto in esso praticato.
L'Istituto è stato definitivamente soppresso con determinazione dirigenziale della Regione Umbria del 6 settembre 2002, n. 7929, con decorrenza dal 1° gennaio 2003, istitutiva dell'ente "La Consolazione. Ente tuderte di assistenza e beneficenza".