Dal 1527, in seguito alle scorribande delle delle truppe di Sciarra Colonna in Valnerina, il Castello tornò spontaneamente sotto l'influenza di Spoleto, in cerca di una protezione più forte e sicura. Le rivendicazioni di Cascia alla Camera apostolica non tardarono e, dopo qualche anno, ne ottenne la restituzione.
In questi anni Usigni, pur riconoscendo l'autorità di Spoleto, aspirava ad una maggiore autonomia, tanto che emanò in forma ufficiale un proprio statuto; approvato nella chiesa di San Salvatore nel 1529 e riconosciuto da Spoleto, confermava consuetudini già adottate e consolidate in precedenza.
Nel corso del XVI secolo il Castello fu rinforzato e restaurato con il sostegno di Cascia, sia per la situazione politica instabile che per la minaccia delle bande di briganti.
Fu paese natale del cardinale Fausto Poli, la cui nobile famiglia diede cardinali, magistrati e vescovi; fu di Poli l'iniziativa di ricostruire la chiesa parrocchiale di San Salvatore in forma monumentale e quella del rifacimento di alcuni palazzi circostanti nella prima metà del XVII secolo.
Nel XVI secolo il Castello era amministrato da un vicario e da tre massari (o consiglieri); questi venivano eletti in ottobre nel corso del pubblico consiglio e restavano in carica per un anno a partire dalle calende di novembre. Durante il pubblico consiglio, costituito dalla magistratura e dai capifamiglia, il vicario in carica inseriva in un'urna tanti grani (fabas) quanti erano gli uomini intervenuti; tra i grani di colore bianco, tre erano di colore nero. Dopo aver effettuato questa operazione, il balivo chiamava ad uno ad uno tutti i presenti per l'estrazione dei grani: spettava a chi possedeva i tre grani neri la nomina dei nuovi massari, del camerario e del balivo. Il nuovo vicario veniva nominato dai tre massari ed insieme avevano la facoltà di riunire il consiglio e formulare qualsiasi proposta utile per il bene comune. L'arenga veniva adunata presso la Chiesa di San Salvatore, con bando del pubblico "preconius" ed interveniva un uomo per ogni focolare oppure, qualora non ve ne fossero, un componente maggiore di quindici anni. Le votazioni erano stabilite a maggioranza ed erano previste multe per la mancata presenza.
Il vicario amministrava anche la giustizia e poteva discutere di cause civili e penali, non eccedenti cento soldi le prime e venti libre di denaro le seconde; negli altri casi, interveniva il podestà.
Al termine del mandato l'attività degli amministratori, che non potevano essere eletti per i seguenti tre anni, era verificata da due sindaci-revisori denominati "arrationatores", appositamente nominati.
Il camerario, eletto contestualmente agli amministratori ed anch'esso in carica per un anno, doveva tenere i conti di tutte le somme in un libro, sia per quelle ricevute che per quelle uscite dalla cassa, e registrare la motivazione dei movimenti di denaro, nonché prendere nota di tutte le imposizioni dovute ed applicate dalla comunità; le collette erano imposte per libra e focolare e per bestia, da versare nei termini indicati nei bandi. Chiunque possedesse animali, era obbligato a farne denuncia. Era di sua competenza anche l'inventario di tutte le scritture conservate; non gli era concesso assentarsi senza un permesso degli amministratori, ma in tal caso il notaio comunale faceva le sue veci. L'operato del camerario, al termine dell'anno di attività, era verificato da un sindaco eletto a questo scopo. Il verbale delle risultanze emerse in seguito allo svolgimento dell'ufficio veniva trascritto nei libri contabili alla fine delle annotazioni relative all'anno finanziario in oggetto.
Il notaio della comunità era scelto tra esperti di giurisprudenza dal vicario e dai consiglieri: esso doveva redigere ogni atto che veniva emanato dagli amministratori.
Il balivo era tenuto a notificare i bandi e le citazioni prodotte dagli amministratori, dal podestà, dal notaio e dagli "arrationatores" ed a svolgere alcune formalità simili nel corso delle adunanze.
La comunità stipendiava anche due "viarii", ossia definitori dei confini del Castello e controllori dello stato del cassero, strade e piazze del territorio; la loro parola e testimonianza aveva piena fede e credito in caso di controversie e danni rilevati nel corso delle loro funzioni.
Nello statuto si trovano norme atte a regolare il commercio sia per quanto concerne i prezzi che dovevano esere uniformi, sia per quanto riguarda le misure utilizzate per la vendita di vino e cereali, simili a quelle adottate dal comune di Spoleto e recanti il sigillo del Castello. Per il vino venduto al minuto si usavano come unità di misura il "petitum", il "medium" e la "foglietta", mentre per i cereali la "coppa".
Anche la nomina del santese era prevista dalle norme statutarie; questi, una sorta di attuale sacrestano, doveva avere cura del mobilio e della manutenzione e conservazione delle chiese di San Salvatore e San Giorgio.
Il podestà aveva la facoltà di giudicare le cause civili e penali (malefici) che non erano di competenza del vicario. Lo statuto non fornisce indicazioni circa la nomina di questa carica né possiamo avere il conforto dei documenti, a causa della loro assenza.
Lo statuto prevedeva disposizioni per la salvaguardia di raccolti e possedimenti, che era affidata al controllo di sei custodi con il compito di controllare il territorio e segnalare eventuali reati e testimoniare in merito. Nel mese di maggio, per il periodo della raccolta delle biade, venivano affiancati da un vallario con lo specifico compito di rilevare eventuali danni arrecati ai raccolti di cereali.
Tra le varie disposizioni codificate c'era anche il divieto di svolgere, del tutto o in parte, attività lavorative nei giorni in cui ricorrevano festività religiose, pena sanzioni pecuniarie. Lo statuto fornisce un lungo elenco dei giorni in cui gli abitanti erano tenuti al riposo.
Nei secoli XVII-XVIII la situazione politica e amministrativa non subì sensibili variazioni. L'economia del Castello era fondata soprattutto sui proventi che derivavano dalla riscossione dell'affitto dei "beni della montagna".
Questa condizione venne a modificarsi con la Restaurazione post napoleonica quando, con il riassetto del territorio operato in seguito al motu proprio del 1816, l'antico Castello di Usigni, che da secoli era compreso nel territorio della Comunità di Cascia, divenne frazione di Poggiodomo.
I massari, che fino a quel momento avevano amministrato in maniera autonoma il castello, si trovarono a gestire i beni di uso civico attraverso il Consorzio dei possidenti; per le notizie in merito, si rimanda alla scheda relativa a tale Consorzio.