Di diversa tendenza fu il secolo XVII, segnato dall'attenuazione dei disordini e controversie e da una certa ripresa economica che si affievolì intorno alla metà del secolo seguente.
Dalla documentazione pervenuta si desume che a Poggiodomo nel XVII secolo i consigli erano tenuti con licenza del Governatore di Cascia ed adunati per ordine dei tre massari, che dal 1685 si ridussero a due. Il camerlengo aveva il compito di amministrare i denari della cassa e tenere conto delle entrate e delle uscite, che erano date dall'affitto del forno, del macello, dei pascoli e terreni e dagli emolumenti dovuti agli ufficiali e salariati. Venivano retribuiti anche un predicatore, un maestro ed un medico; da maggio a settembre era nominato un guardiano per controllare e verificare gli eventuali danni dati dal bestiame ai campi.
Nel corso dei secoli XVII e XVIII l'attività amministrativa del Castello, da quanto è possibile evincere dai verbali delle riunioni del consiglio, restò pressoché immutata, sia per quanto riguarda la gestione ordinaria che le figure degli amministratori e salariati. Dal 1784 al 1795 ai consigli era presente il delegato del Governatore di Cascia.
In questa fase il Ducato di Spoleto fu sostituito dal Compartimento del Clitunno, che comprendeva anche la Valnerina e la Montagna, suddiviso a sua volta in cantoni entro i quali, delle vecchie comunità pontificie, solo quelle con più di 10.000 abitanti formavano una propria municipalità e le altre furono raggruppate fino al raggiungimento di questo numero.
Con la Restaurazione, fino a tutto il 1800, vi fu un periodo di transizione nel governo e il consiglio venne autorizzato solo su ordine dei massari, per tornare poi da gennaio 1801 su licenza del Governatore, quest'ultimo di nuovo installato a Cascia.
In seguito all'editto del cardinale, segretario di Stato, Ercole Consalvi del 22 giugno 1800, lo Stato pontificio venne riorganizzato e furono istituite sette delegazioni apostoliche, tra cui Spoleto da cui dipendeva Cascia e conseguentemente Poggiodomo e gli altri castelli di Usigni, Roccatamburo e Mucciafora.
L'Umbria fu annessa all'Impero con la legge del 17 maggio 1809 e fu proprio in questo periodo che Poggiodomo fu elevato a mairie (comune) e compreso nel Dipartimento del Trasimeno, Circondario di Spoleto, Cantone di Cascia: fu così amministrato da un maire (sindaco) e da un consiglio municipale; nel 1810 fu istituita l'anagrafe comunale.
Successivamente alla caduta dell'Impero francese, le norme previste dalla seconda Restaurazione, contenute nel motu proprio di Pio VII del 1816 ed integrate dal decreto del cardinale Consalvi del 1817 sul nuovo assetto territoriale ed amministrativo dei luoghi pontifici, entrarono in vigore da gennaio 1818; fino a quella data, la gestione amministrativa del Castello restò invariata e le scritture rispecchiano la consueta struttura fino al termine del 1817.
Fu proprio in seguito a questi ultimi provvedimenti, entrati in vigore il primo gennaio 1818, che a Poggiodomo fu confermato lo status di comune, acquisito durante il periodo francese e che si definì l'autonomia del Castello di Mucciafora, che fu elevato ad appodiato. I castelli di Usigni e Roccatamburo costituivano le due frazioni di Poggiodomo. Le nuove norme prevedevano una magistratura composta da un gonfaloniere e due anziani a cui si aggiungeva il sindaco dell'appodiato Mucciafora, dipendente dal gonfaloniere della Comunità di Poggiodomo. Vi era anche un consiglio costituito da sei membri, come previsto per i comuni con una popolazione inferiore a 1000 abitanti (in quel periodo Poggiodomo e frazioni contavano circa 750 abitanti); tali consiglieri dovevano essere nativi del luogo o risiedervi da almeno dieci anni; la nomina era sottoposta all'approvazione del delegato pontificio di Spoleto. Ogni biennio si rinnovavano le cariche: quella del capo dell'amministrazione era stabilita dal delegato apostolico di Spoleto su una terna proposta dalla Comunità a cura dei consiglieri, fatta pervenire al Governatore di Cascia e da questi inviata a Spoleto. Il consiglio nominava inoltre gli impiegati ed approvava la tabella preventiva da inviare a Spoleto per l'approvazione definitiva.
La Comunità, oltre alla magistratura, stipendiava il Vicegovernatore, il segretario, il medico, il chirurgo, il postino, il famiglio, il balivo/cursore e l'esattore. Il vicegovernatore era eletto, tra gli abitanti, nelle piccole comunità dove non risiedeva un governatore ed in sua vece presenziava alle sedute del consiglio.
Nel 1824, 5 ottobre, un nuovo motu proprio di Leone XII diminuì il numero delle delegazioni e Spoleto venne riunita a Rieti; questa disposizione fu confermata da un successivo motu proprio del 1827 che prevedeva l'aggiunta di consiglieri nei luoghi appodiati da affiancare al sindaco; inoltre, nei comuni più piccoli non aventi il titolo di città, la denominazione di gonfaloniere venne sostituita da priore, mentre agli anziani si sostituirono gli aggiunti.
Nel 1828 la Comunità era amministrata da un priore e un aggiunto, che nel 1830 divennero due.
Allo scopo di migliorare e snellire l'amministrazione pubblica, il 5 luglio 1831 il cardinale Tommaso Bernetti, pro-segretario di Stato, emanò un editto di riforma in cui Spoleto fu distaccato da Rieti ed entrambe divennero capoluoghi delle rispettive province, istituite per la prima volta in questa occasione, al cui consiglio era affidato il compito di approvare le tabelle preventive ed i consuntivi dei comuni. Le province furono raggruppate in legazioni, quella dell'Umbria comprendeva Perugia, Spoleto e Rieti ed un delegato pontificio governava ognuna; i comuni furono divisi in 5 classi e le magistrature restarono invariate, ma dal 1833 fu il priore a presiedere il consiglio per il Governatore di Cascia.
Per il periodo della seconda Repubblica romana l'archivio conserva una quantità esigua di documenti e, pertanto, non ci sono notizie specifiche su questo periodo.
Ripristinato il governo pontificio, dalla fine del 1849 all'ottobre 1851, la Comunità venne retta da un governo provvisorio la cui magistratura era costituita da una commissione municipale formata da un presidente e due commissari; nella seduta del primo novembre 1851 si nominarono i nuovi amministratori e si sciolse la commissione. Quest'ultima restaurazione non apportò modifiche sostanziali se non nella denominazione degli amministratori. Fu inoltre fissata la nomina, da parte dei consiglieri comunali, di commissioni aventi compiti di vigilanza su alcuni settori come la sanità, l'annona e grascia, la nettezza urbana, i lavori pubblici le fiere e mercati.

Successivamente al plebiscito del 4-5 novembre 1860, che determinò l'annessione del'Umbria al Regno d'Italia, fu istituita ufficialmente dal regio commissario straordinario generale per le province di Perugia, Spoleto, Orvieto e Rieti, marchese Gioacchino Napoleone Pepoli, la Provincia dell'Umbria, con capoluogo Perugia, amministrata da un prefetto.
Il Comune di Poggiodomo fu compreso nel Circondario di Spoleto, Mandamento di Cascia. Gli organi amministrativi comunitativi furono sciolti e sostituiti da una Commissione municipale per la gestione ordinaria in attesa delle elezioni e per la presa di possesso dei beni delle opere pie soppresse, prima dell'istituzione delle congregazioni di carità. Nel mese di dicembre vennero soppresse anche le corporazioni religiose, le cappellanie, ecc.
Poggiodomo, come tutti i comuni italiani, ebbe un consiglio ed una giunta; il sindaco era di nomina regia su consiglio del prefetto della Provincia al ministro dell'interno. Il consiglio di Poggiodomo era costituito da dodici membri, eletti dai cittadini, e la giunta da due assessori più il sindaco.
Nel 1889 le sedute del consiglio vennero rese pubbliche, ma la maggiore autonomia data ai comuni con l'elezione diretta del sindaco da parte dei consiglieri non toccò Poggiodomo, poiché la popolazione era di molto inferiore ai 10.000 abitanti (intorno alle 900 unità) e si dovette attendere il 1896 con la legge n. 346.
Durante il periodo fascista vennero aboliti il consiglio e la giunta ed il sindaco sostituito da un podestà di nomina regia che raccoglieva in sè tutte le funzioni degli organi soppressi. Il consiglio di Poggiodomo fu presieduto dal 25 maggio 1924 da un presidente nella persona di colui che fino a quel momento aveva ricoperto la carica di sindaco; dall'ottobre 1926 un commissario prefettizio fu incaricato della gestione amministrativa e dal gennaio 1927 fu nominato il podestà. Quest'ultimo fu sostituito nuovamente da un commissario prefettizio nel giugno 1928 per circa sei mesi finché, dal 5 gennaio 1929 al 1943, il podestà amministrò il Comune. Le sedute della giunta vennero sospese dal 1926 al 1948.
Con la legge del 4 aprile 1944, in attesa di elezione amministrative nei comuni furono insediati una giunta ed un sindaco di nomina prefettizia; il consiglio comunale riprese la sua attività il 23 giugno 1946.
Il riassetto amministrativo successivo alla caduta del fascismo, introdusse la Regione come nuovo livello territoriale; i circondari erano già stati aboliti nel 1927, anno in cui iniziarono i lavori per la linea elettrica di Poggiodomo e Usigni, che si completarono nel corso degli anni Trenta. Per dotare di elettricità le frazioni di Mucciafora e Roccatamburo si aspettarono gli anni successivi alla guerra, a partire dal 1947. Negli anni Trenta si deliberò di provvedere alla costruzione degli acquedotti di Poggiodomo, Usigni e Roccatamburo e fu costruito un edificio scolastico; ma è proprio in questo periodo che la popolazione cominciò a diminuire in maniera sensibile, parallelamente al declino del sistema montano.