Lo statuto del 1926, suddiviso in tre capi e composto da tredici articoli fissò le regole principali in merito all'"Istituto", al "Consiglio direttivo" e all'"Ordinamento degli studi". Il consiglio direttivo era composto da rappresentanti del Ministero degli esteri, Ministero dell'istruzione, Comune di Perugia, Provincia di Perugia, Regia Università degli studi di Perugia, Camera di commercio dell'Umbria e uno tra gli enti che contribuivano annualmente con una cifra non inferiore ad un quinto del contributo statale; al suo interno eleggeva il presidente, successivamente chiamato rettore. Dallo statuto del 1967 il direttivo venne chiamato consiglio di amministrazione e la sua composizione venne spesso modificata.
Nell'ateneo era previsto l'insegnamento delle seguenti discipline: istituzioni italiane, letteratura italiana, storia dell'arte italiana, geografia dell'Italia, storia d'Italia e pensiero italiano attraverso i secoli. A queste si aggiungeva un corso di propedeutica e di esercitazioni pratiche di lingua italiana.
La sede dell'Università venne individuata in Palazzo Gallenga, che già dal 1926 ospitava gli uffici del rettorato dell'Università degli studi di Perugia. Nel 1927 il Comune di Perugia cedette in uso tutto il Palazzo dietro pagamento di un affitto; visto l'elevato numero di iscritti ai corsi, nel 1937 venne realizzato l’ampliamento dello stabile.
Negli anni precedenti la seconda guerra mondiale l'Università raggiunse il maggior numero di iscritti dalla sua fondazione; nel 1936 fu approvato un nuovo statuto.
Con la caduta del regime fascista, dal quale era fortemente appoggiata, iniziò, invece, una fase di declino, descritta dal commissario Aldo Capitini nella sua relazione all'attività svolta negli anni 1944-1946.
Con alterne vicende, legate soprattutto alla ricerca di finanziamenti, continuò a svolgere i propri corsi e, nei primi anni Sessanta, venne evidenziata la necessità di dotarsi di un ulteriore statuto, approvato e pubblicato nel 1967.
Dal 1950 al 1964, presso l'Università funzionò il Centro di studi pedagogici, organizzato per iniziativa dell'ente Opera Montessori.
Con lo statuto del 1967 fu previsto il consiglio accademico, con competenza in materia didattica; costituito con delibera del consiglio di amministrazione, era formato dal rettore, che lo presiedeva, da tre professori universitari di ruolo, già docenti nei corsi di alta cultura, dal rappresentante dell'Università degli studi di Perugia, da un rappresentante eletto dai docenti del corso superiore, da uno eletto dai docenti del corso medio, da uno eletto dai docenti del corso preparatorio e dal direttore dei corsi. La sua composizione è stata più volte modificata dagli statuti successivi.
La legge 16 aprile 1973, n. 181, detta anche legge Valitutti, precisò lo stato giuridico dell'ente, riconosciuto come "istituto di istruzione superiore ad ordinamento speciale, con personalità giuridica e autonomia amministrativa, didattica e disciplinare, sotto la vigilanza del Ministero della pubblica istruzione".
Altri statuti furono adottati nel 1978, nel 1987 e nel 1992. Quello del 1978 istituì il consiglio dei professori, organo formato da tutti i docenti in servizio con funzioni consultive in materia didattica. Ratificò, anche, il Centro sociale universitario, organismo creato all'interno dell'Università per offrire assistenza agli studenti stranieri, divenuto un ente autonomo nel 1981.
Con legge 17 febbraio 1992, n. 204, l'Università italiana per stranieri di Perugia è diventata un istituto superiore statale ad ordinamento speciale con la denominazione di Università per stranieri di Perugia. La sua personalità giuridica è conforme alle norme stabilite per le università italiane e gode di autonomia didattica, scientifica, organizzativa, finanziaria e contabile.
Oggi è vigente lo statuto del 1992, nell'ultima edizione aggiornata nel 2007.
Attuali organi di governo sono: rettore, prorettore, consiglio accademico, consiglio di amministrazione, direttore amministrativo. Organi di vigilanza e valutazione sono il collegio dei revisori dei conti e il nucleo di valutazione; il senato degli studenti è organo consultivo. Sono, infine, attive la Commissione per le pari opportunità e la Commissione per l'integrazione ed il sostegno degli studenti diversamente abili.
Ne sono stati rettori: Astorre Lupattelli, dal 1926 al giugno 1944; Aldo Capitini, dal luglio 1944 all'aprile 1947, in qualità di commissario straordinario; Carlo Sforza, dall'aprile 1947 all'ottobre 1952; Carlo Vischia, dall'ottobre 1952 al settembre 1969, per tre mandati; Salvatore Valitutti, dal settembre 1969 al giugno 1980; Ottavio Prosciutti, dal giugno 1980 al 13 marzo 1982, quando muore in carica; Giorgio Spitella, dal settembre 1982 fino al 1995, per ripetuti mandati. L'attuale rettrice è Stefania Giannini, al suo secondo mandato per il quadriennio 2007-2011.