Immediatamente tornò a Firenze e aderì al Partito d’azione - PDA nel quale erano confluiti i compagni del gruppo liberalsocialista fiorentino. Ai primi di settembre dello stesso anno (dal 5 al 7) Enriques Agnoletti e Furno ospitarono nelle rispettive abitazioni i lavori del primo congresso nazionale del PDA. Costituito il Comitato toscano di liberazione nazionale - CTLN Enriques Agnoletti fu incaricato di rappresentarvi il PDA, e si adoperò principalmente affinché il CTLN assumesse funzioni di governo senza che si limitasse alla sola lotta armata contro i tedeschi ed i fascisti. Durante il periodo clandestino Enriques Agnoletti si impegnò principalmente nell’organizzazione del partito e nella produzione e diffusione della stampa clandestina: fu infatti tra i redattori di «Oggi e domani» e de «La libertà». Ai primi del 1944 si ammalò di tubercolosi e il 12 giugno dello stesso anno fu colpito da un grave lutto: la sorella Anna Maria venne fucilata dai tedeschi inquanto partigiana. Cionondimeno, proseguì la sua attività in seno al CTLN fino all’11 agosto 1944, giorno della liberazione di Firenze.
Nel 1945, terminata la guerra, fu con Calamandrei fondatore de «Il Ponte» divenendone direttore alla morte di Calamandrei avvenuta nel 1956. Allo scioglimento del PDA Enriques Agnoletti aderì con Codignola e Calamandrei all’Unione dei socialisti e, in seguito, al movimento di Unità popolare. Eletto al Consiglio comunale di Firenze, ricoprì la carica di vicesindaco dal 1961 al 1964 durante il terzo mandato del sindaco Giorgio La Pira. Nel 1964 si iscrisse al Partito socialista italiano - PSI e, dal 1970 al 1974, fu di nuovo consigliere comunale a Firenze durante il secondo mandato del sindaco Luciano Bausi. All’attività politica affiancò la professione di notaio e l’impegno nelle associazioni resistenziali: membro della Federazione italiana associazioni partigiane, nel 1976 ne divenne il terzo presidente dopo Ferruccio Parri e Francesco Albertini; nello stesso periodo fu anche membro del Bureau della Fédération Internationale de la Résistence. Nel 1981 insieme a Codignola ed altri militanti rivolse una dura critica a Bettino Craxi, allora segretario del PSI; espulsi dal partito fondarono la Lega dei socialisti - LDS. Nel dicembre 1981 morì improvvisamente Tristano Codignola e con lui finì anche l’esperienza della LDS; Enriques Agnoletti si avvicinò quindi al Partito comunista italiano e, nel 1983, viene candidato al Senato. Eletto senatore per la IX legislatura aderì al gruppo della Sinistra indipendente, fu membro della 3ª Commissione permanente (Affari esteri) e fu vicepresidente dell’Assemblea. Enzo Enriques Agnoletti morì a Firenze il 7 settembre 1986.