Con le invasioni barbariche Todi venne saccheggiata dai Longobardi restando, tuttavia, immune dalle devastazioni. Il Cristianesimo si diffuse ad opera di San Terenziano e le diocesi, cui venne riconosciuta l'auctoritas del vescovo, andarono a ricalcare le preesistenti magistrature romane.
A partire dal 1100 Todi cominciò a modificare il proprio assetto politico per costituirsi in comune autonomo, governato inizialmente da consoli.
Nel 1204 apparve per la prima volta la carica di podestà, ricoperta dal nobile Spagliagrano da Bologna; era stabilito, infatti, che questo magistrato non provenisse dal territorio tuderte. A lui fu affidato il potere giudiziario e ai decemviri quello amministrativo. Dal 1250 al podestà si affiancò il capitano del popolo e la gestione amministrativa restò nelle competenze di dieci priori, di un consiglio generale e uno segreto, dei revisori e di due "caporioni".
In questo periodo Todi diede il via al progetto di espansione dei propri territori, contesi alla città di Orvieto, con la quale combatté aspre battaglie, anche in sede politica e diplomatica. Il centro urbano si ampliò e, intorno alla metà del 1200, venne costruita la terza cerchia di mura. Dal 1237 entrò a far parte della lega delle città umbre guelfe, rafforzando l'alleanza con Perugia e resistendo agli attacchi di Federico II.
Nel 1327 il Comune perse la propria autonomia per passare, secondi i patti stipulati dal cardinale Albornoz, sotto la giurisdizione diretta della Chiesa.
Per decenni Todi ebbe sanguinose lotte interne tra guelfi e ghibellini, rappresentati rispettivamente dalle potenti famiglie degli Atti e dei Chiaravalle. Successivamente si alterneranno le signorie dei Malatesta di Rimini e di Ladislao d'Angiò. Nei primi decenni del 1400 venne riconosciuto a Braccio Fortebraccio da Montone il vicariato di Todi.
La città ebbe un periodo di splendore e benessere con il vescovo Angelo Cesi, tra il 1566 e il 1606. Nel secolo XVII, invece, fu piegata da pestilenze, guerre e carestie che portarono ad un notevole calo demografico.
Nel 1809, con l'annessione dello Stato pontificio all'Impero napoleonico, venne costituito il Dipartimento del Trasimeno e Todi divenne capoluogo di circondario insieme a Spoleto, Perugia e Foligno.
Nel 1814 fu restaurata l'amministrazione pontificia.
Dal 1860 entrò a far parte del Regno di Sardegna prima e d'Italia poi.

Nel periodo postunitario seguì le vicende politiche ed amministrative di tutti i comuni italiani. Fu compresa prima nella Provincia dell'Umbria e poi di Perugia.
Il territorio del Comune di Todi è composto da 37 frazioni, così come risultava già nel catasto gregoriano redatto nel 1819.
Negli ultimi vent'anni, grazie anche alla notorietà acquisita per le sue qualità di vivibilità, Todi si è affrancata dalla sua condizione di isolamento assumendo una forte connotazione di polo turistico e culturale.