A metà secolo circa, Citerna fu lasciata da Sigismondo ed entrò a far parte dello Stato della Chiesa. Nel 1464 soggiaceva al Governatore di Città di Castello, il quale esercitava il potere attraverso un commissario o luogotenente. Negli ultimi decenni del XV secolo in Citerna si rifugiarono i Vitelli, potente famiglia tifernate, i quali presero possesso del Castello nel 1482 in quanto espulsi dalla propria città.
Intorno al 1519 la Comunità di Citerna venne ceduta dal pontefice Leone X a titolo di marchesato ai Vitelli - grazie all'interessamento del cardinal Vitellozzo Vitelli - i quali mantennero il potere quasi ininterrottamente fino al 1584.
L'attività amministrativa della Comunità di Citerna si svolse, fin dalla seconda metà del XV secolo, sulla base di statuti e di ordinamenti, a noi non pervenuti, varie volte confermati dai pontefici. Lo statuto della Comunità risulta essere la copia di un precedente statuto del 1518 al quale furono apportate integrazioni e modifiche nei tre-quattro decenni successivi; esso venne materialmente redatto a cavallo tra il XVI e il XVII secolo dietro incarico del consiglio di Citerna al tempo del commissario ser Pietro Paolo "de Pacisurdis" e fu approvato il 6 febbraio 1603 da Clemente VIII con apposito breve.
Le norme che regolamentavano l'amministrazione di Citerna sono riportate principalmente nel libro I. Dal capitolo (rubrica) 2 del suddetto libro si apprende che Citerna era retta da un Vicario o Commissario di nomina pontificia al quale spettava, durante il semestre di mandato in cui non poteva assentarsi dalla Comunità senza espressa licenza, vigilare sull'andamento amministrativo generale della Comunità, far rispettare gli ordini e le circolari delle autorità superiori e giudicare le cause (civili, criminali e di danno dato) in prima istanza, secondo quanto stabilito da apposito privilegio confermato da papa Paolo III nel 1543. Il Commissario, che doveva essere sottoposto a sindacato al termine del proprio mandato per rendere ragione delle proprie azioni, era coadiuvato nella propria attività da tre priori, eletti in seno all'assemblea pubblica, i quali giuravano di osservare gli statuti e di amministrare i beni comunitativi con equità e giustizia. L'organo deliberante era costituito dal consiglio dei 24 "homines autores iustitie dicti comunis et Terre", 8 di Citerna e 16 del contado, i cui nominativi erano insaccolati nella "capsula officiorum communis" conservata presso la Chiesa di San Francesco in Citerna sotto la custodia del padre guardiano di detto convento. Tra i consiglieri, tre giorni prima dell'insediamento venivano estratti i tre priori che duravano in carica per due mesi e che percepivano ciascuno un salario di 24 bolognini. Detti ufficiali erano tenuti a prestare nelle mani del Vicario "iuramentum de bene et legaliter exercendo eorum officia, remotis ab eis, amore, timore, prece, precio et omni humana gratia corporaliter tactis scripturis" (rubrica 81 dello statuto, cc. 40v-41r).
Dalla fine del XVI alla seconda metà del XVIII secolo non si registrano nell'assetto istituzionale di Citerna variazioni di rilievo; tuttavia è opportuno ricordare che la Comunità, negli anni 1643-1644, fu teatro della cosiddetta guerra di Castro, combattuta tra Urbano VIII Barberini e Odoardo Farnese duca di Parma, che ebbe effetti particolarmente disastrosi sulla popolazione e sul territorio.
Durante il periodo della dominazione francese, Citerna venne eretta municipalità autonoma che entrò a far parte del Dipartimento del Trasimeno con sede a Perugia, Cantone di Monte Santa Maria. In Citerna si impiantò il "Cesareo regio provvisorio governo".
Dopo il ripristino del potere pontificio, nel 1814, Citerna tornò a pieno titolo sotto la giurisdizione di Città di Castello, in attuazione del motu proprio di Pio VII del 6 luglio 1816.
Con il "Riparto dei governi delle comunità dello Stato pontificio con i loro respettivi appodiati" del 1817, Citerna divenne "Comune unita ai diversi luoghi di residenza del governatore di Città di Castello".
Nel periodo della seconda Restaurazione pontificia, che principia dal 1814, la Comunità venne amministrata da un consiglio, costituito (in ragione della popolazione residente) da 18 membri, per il disbrigo degli "affari d'interesse comune", e da una magistratura per "l'andamento dell'amministrazione comunitativa", composta da un gonfaloniere coadiuvato da due anziani, così come sancito dagli artt. 150- 159 del motu proprio emanato da papa Pio VII il 6 luglio 1816 che, tra le altre norme, aboliva tutte le leggi municipali e gli statuti che le comunità si erano date anteriormente al 1798.
Con motu proprio emanato da papa Leone XII in data 21 dicembre 1827 le funzioni in materia di amministrazione della giustizia fino ad allora esercitate dai gonfalonieri passarono ai podestà locali i quali, oltre a svolgere compiti di ordine pubblico, di salute pubblica e di vigilanza sull'andamento amministrativo della comunità, si occupavano della repressione di reati punibili fino a dieci giorni di carcere, raccoglievano le incriminazioni per i processi, assicuravano i corpi di reato e autorizzavano gli arresti in caso di flagranza. I podestà vennero soppressi in seguito ai moti insurrezionali del 1831 con motu proprio del 5 luglio dello stesso anno emanato da papa Leone XII. Il podestà svolse l'attività giudiziaria ordinaria fino al 27 novembre 1831. I priori, già a capo dell'amministrazione comunale dal 2 febbraio 1829 subentrarono ai podestà nell'amministrazione della giustizia, con riferimento alle cause di natura economica (nascenti cioè da obbligazioni in denaro) dal 15 dicembre 1831 fino alla fine della dominazione pontificia.
L'assetto istituzionale citernese non subì rilevanti variazioni, dal punto di vista istituzionale fino all'avvento del Regno d'Italia, nel settembre del 1860.

Nella seduta del 20 maggio 1861, comunicata preventivamente all'Intendenza generale di finanza di Perugia in data 5 maggio con avviso n. 238, si costituirono in Citerna gli organi collegiali di governo, ovvero il consiglio e la giunta. Venne nominato sindaco Luigi Bartolomei; assessori Luigi Gagliardi e Giovan Battista Panicucci; assessore supplente Bernardo Alberti; consiglieri Stefano Gagliardi, Pietro Giannini, Enrico Magroni e Gino Sprilli; segretario comunale Giuseppe Scipioni; inoltre, nella stessa seduta del 20 maggio 1861, il segretario suddetto venne nominato ufficiale di Stato civile.
L'insediamento ufficiale della giunta municipale avvenne nella prima sessione autunnale del 5 novembre 1861. L'attività ordinaria degli organi collegiali citernesi non conobbe interruzioni, né si ebbero variazioni dal punto di vista istituzionale fino al periodo successivo alla prima guerra mondiale. Nel 1921, l'amministrazione comunale di Citerna fu sottoposta a commissariamento. Venne designato commissario prefettizio Antonio Chiasserini - nominato con decreto del prefetto di Perugia, n. 846, emanato in data 6 maggio - il quale deliberò dal 2 giugno 1921 al 18 gennaio 1923. Il consiglio e la giunta ritornarono regolarmente in attività per circa tre anni, fin quando, con legge 4 febbraio 1926, n. 237, venne destinato nei comuni fino a 5000 abitanti un podestà di nomina regia. In ottemperanza a detta legge, a partire dal 3 agosto successivo si insediò il podestà senza soluzione di continuità per 16 anni. L'ultima deliberazione del podestà risale al 4 aprile 1942.
Nel 1942, subentrò ai vertici dell'amministrazione comunale un nuovo commissario prefettizio, Alberto Califano, nominato con decreto prefettizio del 1° aprile 1942. Il suddetto commissario per la gestione provvisoria dell'amministrazione deliberò dal 19 aprile 1942 all'8 luglio 1944; il 26 agosto 1944 riprese a deliberare la giunta municipale.
Le informazioni sono tratte dall'inventario on line.