L'inizio del XIV secolo vide Nocera impegnata, su incarico di Perugia, a difendere i passi dell'Appennino dalle truppe di Federico da Montefeltro che spinse i ghibellini ad impadronirsi di molte città, tra cui la stessa Nocera. Nel 1305, con il possesso di Foligno da parte dei Trinci, di parte guelfa, Nocera tornò guelfa, ma nel 1315 ci furono ribellioni causate dal risveglio dei ghibellini. Nel 1371 Nocera rielaborò lo statuto comunale.
Dopo una breve occupazione da parte di Biordo Michelotti, nel 1398 tornò alla Chiesa e, nel 1400, fu ripresa da Giangaleazzo Visconti, signore di Perugia, alla morte del quale, nel 1402, passò di nuovo ai Trinci. Nel 1421 si verificò una strage di Trinci nella rocca della città, che provocò una risposta sanguinosa da parte di Corrado Trinci. In seguito a ciò il papa, per punire Corrado, inviò Francesco Sforza che la occupò per alcuni mesi. Nocera tornò in mano ai Trinci fino al 1439, quando passò di nuovo alla Chiesa. In questo periodo fu coinvolta nelle lotte di fazione che tormentavano Perugia; infatti, avendo dato ospitalità a fuoriusciti perugini, all'inizio del 1500 fu occupata da Giampaolo Baglioni.
Terminati questi avvenimento, Nocera passò definitivamente allo Stato della Chiesa.
In epoca pontificia ebbe governatori di nomina statale, che si occupavano di amministrare la giustizia, sovrintendendo all'ordine pubblico e vigilando sull'operato delle amministrazioni cittadine.
Con l'avvento della Repubblica romana, il 15 febbraio 1798, l'assetto politico e amministrativo negli ex domini pontifici venne stravolto. Nocera divenne capoluogo di cantone del Dipartimento del Trasimeno, il cui circondario comprendeva i comuni di Gaifana, Cassignano, Postignano, Bagni di Nocera, Mosciano, Gualdo Cattaneo, Colle Mincio, Poggio di sopra, Valtopina.
Nell'agosto del 1799, con la caduta della Repubblica romana, i territori pontifici dell'Umbria vennero occupati dalle armate austriache. I governi provvisori, impiantati subito dopo, ebbero termine nel 1800, con la presa di possesso dello Stato da parte di papa Pio VII. Nocera fu attribuita alla Delegazione di Perugia.
Nel giugno del 1809 l'Umbria tornò sotto il dominio francese, trasformata, nel 1810 in un unico Dipartimento del Trasimeno con a capo un prefetto. Nocera fu comune capoluogo di cantone, inserito nel Circondario di Foligno. Il regime francese si distinse per le innovazioni politiche e burocratiche e continuò la politica anticlericale della Repubblica romana, portando alla soppressione di conventi, monasteri e corporazioni religiose anche nel territorio di Nocera.
L'occupazione francese terminò in Umbria nel maggio del 1814. Tra il 1816 e il 1817 l'organizzazione territoriale ed amministrativa subì ulteriori modifiche in base alle quali Nocera divenne sede di governatore di secondo ordine, subordinato al Distretto di Foligno, nella Delegazione, poi Provincia, di Perugia. Tale assetto politico e amministrativo rimase in vigore fino alla caduta del governo pontificio, quando le province di Perugia, Spoleto, Rieti ed Orvieto furono affidate, con regio decreto del 12 settembre 1860, al regio commissario straordinario per le province dell'Umbria, Gioacchino Napoleone Pepoli, che si impegnò in una ristrutturazione amministrativa e giuridica del territorio.

Con il regio decreto 17 dicembre 1860 l'Umbria fu ufficialmente annessa al Piemonte. Nocera fu un mandamento del Circondario di Foligno nella Provincia dell'Umbria. Quando poi, con il regio decreto n. 1 del 2 gennaio 1927, la Provincia dell'Umbria fu soppressa e, contestualmente, furono istituite la Provincia di Perugia e la Provincia di Terni, Nocera Umbrua fu assegnata alla prima.
Nel 1861, intanto si era insediata la nuova amministrazione e, nel 1863 il Comune aveva assunto la denominazione di Nocera Umbra.
Nel 1924 la cittadina umbra fu privata del tribunale, degli uffici del catasto e di quelli finanziari.
Con la trasformazione dell'organizzazione comunale a seguito delle leggi del 1926, venne abolito il sistema elettivo e la nomina del podestà divenne prerogativa governativa. L'attività del podestà a Nocera Umbra è documentata dal 1927 al 1935. Negli anni successivi, podestà e commissari prefettizi operarono fino al passaggio dall'amministrazione fascista a quella post-bellica. Con la caduta del fascismo e la fine della guerra, un decreto del capo della Provincia di Perugia nominò commissario prefettizio del Comune di Nocera, con funzioni di sindaco per la straordinaria amministrazione, Agapito Costantini.
Un anno dopo Costantini rassegnò le dimissioni e l'amministrazione comunale fu affidata ad Angelo Cesaroni, già presidente del Comitato di liberazione nazionale locale, che aveva operato negli anni 1944-1945.
Successivamente l'organizzazione amministrativa del Comune non subì altre modifiche significative.
I dati della presente scheda sono tratti dallo strumento di ricerca redatto da Valeria Becchetti, Laura Braca e Francesca Calliope Faramelli, coordinate dal Soprintendente archivistico per l'Umbria, Mario Squadroni.