Nell'aprile del 1281 i conti Bulgarelli vendettero il castello di Marsciano a Perugia per cinquemila libbre di denari, cedendo anche ogni diritto e giurisdizione, ma tenendo per sé e per i propri eredi la torre, le case, i terreni e i molini, oltre al giuspatronato della chiesa; dichiararono, invece, di rinunciare al beneficio della nuova costituzione, all'ausilio dell'epistola Divi Adriani e ad ogni altro beneficio che potesse loro competere. Dopo tale vendita nacquero presto delle controversie fra i conti e il Comune di Perugia tanto che il 27 dicembre 1282 furono stabilite a Perugia alcune capitolazioni e più tardi, per legge statutaria, fu confermata la giurisdizione di Perugia su Marsciano.
Gli anni tra il 1310 e il 1312 furono i più tragici per Marsciano. Gli scontri tra Guelfi e Ghibellini interessarono, infatti, Perugia, guelfa, Todi e Spoleto ghibelline: Marsciano fu il luogo in cui i Perugini formarono l'esercito e dove elessero i nuovi priori e il nuovo magistrato. A Marsciano si accampò, nell'agosto del 1312, Arrigo VII e, nonostante i patti, gli imperiali saccheggiarono la città e il suo territorio.
Più tardi anche i Tuderti, insieme agli Spoletini, assalirono e distrussero quasi totalmente Marsciano.
In seguito alle istanze del conte Borgaruccio ai priori della città, il castello di Marsciano venne risarcito e ricostruito e il magistrato di Perugia provvide a farvi tornare gli abitanti.
Nel 1314 fu sancita la pace fra i Perugini e i Tuderti e, da questo momento per circa trent'anni, non si registrarono avvenimenti degni di rilievo.
Nel 1346, a causa di una lite per il giuspatronato della Chiesa di San Giovanni di Marsciano, Clemente VI dichiarò Perugia immediatamente soggetta alla Santa Sede. Altra controversia sorse nel 1352, quando il conte Bulgaro di Tiberiuccio, dopo la morte del padre, entrò in possesso del giuspatronato di San Giovanni.
Marsciano e i suoi conti vennnero nominati per la loro ospitalità in occasione della venuta in Italia, nel 1355, di Carlo IV re di Boemia, eletto imperatore.
Nel sec. XIV le deliberazioni della città di Perugia in merito alla divisione dei castelli e delle ville del contado perugino stabilirono che Papiano e Cerqueto facessero parte del contado di Porta Sant'Angelo, Marsciano e Monte Vibiano di quello di Porta Sole, San Biagio della Valle (all'epoca non castello, ma villa) di quello di Porta Santa Susanna e Castiglione della Valle di quello di Porta San Pietro. Una più razionale assegnazione dei castelli e delle ville fu fatta nel 1380 dal notaio dei priori e, Marsciano, passò sottole dipendenze di Porta San Pietro.
Nel sec. XV la storia di Marsciano è legata alla lotta che Braccio Fortebracci sostenne contro Perugia, per ottenerne la signoria; Marsciano riuscì a respingere gli assalti di Braccio, ma nel 1412 fu costretta a capitolare.
I Perugini, interessati a recuperarla, mandarono un esercito guidato da Attendolo Sforza, ma Braccio lo costrinse alla ritirata.
Nel 1413 Fabrizio da Capua, inviato dal re Ladislao con l'ordine di recuperare tutti i castelli che Braccio aveva tolto a Perugia riuscì a riprenderli tutti ad eccezione di Marsciano e Ponte Pattoli, la cui riconquista avvenne l'anno dopo. Il 19 luglio 1416 i nobili fuoriusciti rientrarono in patria e Braccio divenne di nuovo signore incontrastato di Perugia fino alla sua morte (1424) , riconquistando anche tuttoil contado.
Da questo momento ebbe inizio un periodo di assoggettamento di Perugia e del suo territorio al potere temporale dei papi. Per accelerare l'esito dei negoziati Martino V mandò un esercito comandato da Francesco Sforza che si accampò a Marsciano, paese di origine della madre, portando danni e distruzione.
Nell'anno 1500 Perugia fu teatro di congiure e stragi che videro al centro delle vicende la famiglia Baglioni. I Marscianesi offrirono rifugio a Giovan Paolo Baglioni e a suo fratello Troilo in più di un'occasione e, probailmente per questo motivo, quando i Baglioni rientrarono a Perugia, nel consiglio dei priori del 13 gennaio 1504 fu conferita alla Comunità e agli uomini di Marsciano la cittadinanza perugina da estendersi a tutti i figli e discendenti in perpetuo: i Marscianesi, in tal modo, acquisirono privilegi e diritti dei Perugini.
Nel 1540 Perugia e il suo territorio si ribellarono all'imposizione pontificia sulla gabella del sale: la repressione che seguì fu feroce e tra le punizioni inflitte vi fu lo smembramento del contado della città.
Marsciano, in questa occasione, passò direttamente sotto la dipendenza del pontefice, autogovernandosi. Nel 1558, però, i Marscianesi chiesero di essere riammessi alla giurisdizione ed obbedienza della città di Perugia.
Durante il periodo francese, Marsciano fu sede cantonale con prefetto consolare e pretore; sotto l'impero napoleonico ebbe il giudice di pace, il maire e il precettore a vita.
Si ignorano le ragioni per le quali sotto Leone XII il governatorato di Marsciano fu convertito in semplice podesteria e, più tardi, fu appodiato all'assessorato di Perugia.
Marsciano era capoluogo di comune: il capo dell'amministrazione aveva il titolo di priore ed era coadiuvato da quattro anziani. Aveva alle proprie dipendenze quattro sindacati, Cerqueto, Spina, Papiano, Compignano, che divennero poi frazioni del comune postunitario.

Nel 1860 entrò a far parte del Regno d'Italia, nella Provincia dell'Umbria. Successivamente ha seguito le vicende amministrative, politiche ed istituzionali di tutti i comuni italiani.