Nel 1409 il Comune si sottomise alla signoria degli Orsini e l'anno dopo venne occupata da Braccio Fortebraccio da Montone. Nel 1431 si ebbe il primo governatore pontificio, nella persona di Bartolo Carloni.
La decadenza di Narni iniziò dopo l'invasione del 1527 dei Lanzichenecchi di ritorno dal Sacco di Roma, che si vendicarono della città che aveva inviato contro di loro duemila soldati. Narni oppose resistenza, ma, anche con l'aiuto dei "vecchi nemici" ternani, venne assediata e fortemente saccheggiata.
Il papa cercò di provvedere alla rinascita di Narni promettendo aiuti e sovvenzioni, ma la ripresa fu lenta; nei decenni seguenti i papi Paolo III e Pio IV continuarono a confermare esenzioni fiscali e privilegi per ricostituire le mura e gli acquedotti. Ancora, nel 1560, la città decretò le esenzioni da tasse e da altri obblighi per chiunque fosse venuto ad abitarvi. Nel 1591 un'epidemia di peste indebolì ulteriormente la città.
I secoli XVII e XVIII furono segnati dal pieno dominio della Chiesa sul territorio narnese.
Anche Narni venne interessata dalle ondate rivoluzionarie a cavallo tra fine Settecento e Ottocento, passando prima sotto la giurisdizione della Repubblica romana, venendo sottoposta a Spoleto che era capoluogo dell'amministrazione centrale, e poi sotto quella dell'Impero napoleonico, quando il Cantone di Narni rientrò nel Circondario di Rieti, a seguito alla ripartizione territoriale decretata nel 1809 dalla Consulta straordinaria per gli Stati romani.
Con la restaurazione e il motu proprio di Leone XII del 1824, Narni entrò a far parte della Delegazione di Spoleto e Rieti, distretto di Terni e divenne residenza di governatore, con appodiate le comunità di Borgaria, Montoro, San Liberato, Stifone e Taizzano.
In precedenza erano appodiate anche le Comunità di Aguzzo, Capitone e Sant'Urbano.
Nel 1850 Narni venne compresa nella Provincia di Spoleto con appodiata la Comunità di Montoro.
Nel 1860 si formò a Narni un Comitato comunale delle province romane, che faceva capo a Firenze, per coordinare le azioni dei patrioti locali. Il 21 settembre vennero abbassate le insegne papali presso il palazzo comunale e, dopo la conquista da parte dell'esercito piemontese della Rocca, ultimo baluardo del presidio pontificio, il 28 settembre dello stesso anno venne festeggiata la liberazione di Narni dal potere dei Papi.
In epoca postunitaria le vicende storico isrituzionali di Narni seguirono quelle della maggior parte dei comuni italiani.