Dalla documentazione rinvenuta, è emerso che entrambi gli stati non intesero risolvere la questione attraverso le vie legali, né con l'uso della forza occupando militarmente il territorio, dell'estensione di pochi chilometri quadrati. Al contrario, risultò più conveniente il mantenimento dello "status quo", nonostante non fossero imposti tributi. Nella minuscola Repubblica, così, non vigeva altra legge scritta se non un'iscrizione, tracciata sull'architrave della chiesa della Confraternita della Santissima Annunziata o del Gonfalone, il cui testo recitava: "Perpetua et firma libertas".
La Repubblica di Cospaia, la cui indipendenza non conobbe soluzioni di continuità dalla metà del XV secolo fino all'invasione napoleonica, fu comunque turbata da innumerevoli tentativi egemonici esercitati dalle vicine città di Sansepolcro e di Città di Castello.
Al tempo della Repubblica romana, venne inclusa nel "Dipartimento del Trasimeno" mentre, negli anni che vanno dal 1799 al 1808, conobbe un periodo di relativa tranquillità.
Superata la reggenza imperiale francese compresa tra il 1809 ed il 1814, per gli abitanti di Cospaia si inaugurò una stagione, della durata di un decennio, caratterizzata dalla più completa libertà. Fino al 1825, infatti, il territorio, sia per la particolare posizione geografica che per l'autonomia fiscale, divenne ricettacolo di contrabbandieri.
Il 15 giugno 1825, però, i governi pontificio e toscano concordarono la stesura di una nuova pianta divisionale del territorio; con pubblico istrumento dell'11 febbraio 1826, poi, proclamarono la spartizione della Repubblica, alla presenza di notabili e di militari. Il decreto divenne esecutivo il 28 giugno successivo quando, alla presenza del delegato apostolico di Perugia monsignor Adriano Fieschi e di numerose autorità, fra le quali il governatore e il gonfaloniere di Città di Castello, il marchese Giuseppe Bufalini ed altri, venne letto l'atto di sottomissione di Cospaia al dominio pontificio. Nello stesso giorno monsignor Fieschi emanò una notificazione, articolata in 12 punti e pubblicata nel periodico "L'Osservatore del Trasimeno". Con quest'atto si stabilì che Cospaia avrebbe fatto parte del Governo distrettuale di Città di Castello e che sarebbe stata eretta in università appodiata a detta comunità, con tutti i diritti e doveri connessi al nuovo status; sarebbe stata governata da un sindaco e alcuni suoi rappresentanti, in ragione della popolazione locale, sarebbero entrati a far parte del consiglio comunale di Città di Castello. Per quanto riguarda l'amministrazione della giustizia, le cause superiori ai 5 scudi sarebbero state giudicate dal governatore distrettuale di Città di Castello, quelle inferiori dal sindaco di Cospaia. Si stabilì, inoltre, che potevano essere coltivate le piante di tabacco e si fissarono, infine, le norme che regolavano il commercio e il transito delle merci.
Dopo che la Comunità di San Giustino venne eretta a comune autonomo, con motu proprio di papa Leone XII datato 21 dicembre 1827, Cospaia, amministrata da un sindaco, divenne università appodiata di San Giustino, fino all'annessione al Regno d'Italia.