Successivamente ai moti insurrezionali del 1831, Leone XII emanò, il 5 luglio dello stesso anno, un motu proprio con il quale furono soppressi i podestà e si diede facoltà alle comunità di procedere alla designazione di un giusdicente per la prosecuzione dell'attività giudiziaria ordinaria. Per quanto riguarda il caso specifico di San Giustino, dall'esame della documentazione rinvenuta, risulta che l'amministrazione della giustizia fu esercitata dal priore comunale, cui spettava giudicare le cause civili ed economiche del valore inferiore a dieci scudi, quelle di danno dato semplice fino a scudi sei e quelle insorte per controversie di fiere o di mercato; per le cause specifiche di natura economica, nascenti cioè da obbligazioni in denaro, per somme inferiori a cinque scudi applicava la procedura economica senza forme giudiziali.

La fine della dominazione pontificia risale al settembre 1860, quando le truppe piemontesi occuparono i territori dell'Umbria. San Giustino fu il primo Comune raggiunto dai soldati piemontesi, guidati dal generale Manfredo Fanti. Vi si formarono e funzionarono un consiglio e una giunta, così come previsto dalla normativa vigente. Primo sindaco fu Pietro Polcri; la prima giunta fu, invece, costituita dagli assessori Francesco Polidori, Giovan Battista Roti, Domenico Tani, Ulisse Mori.
All'interno del nuovo Stato appartenne alla Provincia dell'Umbria, Circondario di Perugia, Mandamento di Città di Castello. Quando poi, con il regio decreto n. 1 del 2 gennaio 1927, la Provincia dell'Umbria fu soppressa e, contestualmente, furono istituite la Provincia di Perugia e la Provincia di Terni, San Giustino fu assegnata alla prima.
Il Comune di San Giustino subì un breve commissariamento nel 1907 ed uno più lungo dal 28 maggio 1921 al 15 gennaio 1923. I commissari furono Giuseppe Roti e Sebastiano Nunzi. Il 23 febbraio 1923 si insediò il nuovo consiglio comunale e fu sindaco Luigi Gattaponi.
Primo podestà fu, invece, Sante Battocchi, nominato con r.d. 24 marzo 1927; l'ultimo Vincenzo Roti, che esercitò il proprio mandato fino al 10 giugno 1944.
Con l'entrata in vigore del decreto legislativo 4 aprile 1944, n. 111, l'amministrazione cittadina passò nuovamente al sindaco, Agostino Turla, ed alla giunta, entrambi di nomina prefettizia.
Nella seduta del 7 aprile 1946 si insediò il consiglio comunale eletto nei comizi del 14 marzo 1946; furono anche nominati il sindaco, David Zamponi, e la giunta, costituita da Andrea Mori, Virgilio Gasperini, Bruno Brizzi, Fervido Radicchi, più due assessori supplenti, Remigio Evangelisti e Francesco Gasperini.