Nel 1208, innanzi all'Abbazia di San Secondo in Amelia, fu stipulato un contratto di pace con Todi, che i Todini interpretarono come un vero atto di sottomissione, tanto che successivamente Todi manifestò una ricorrente ambizione di controllo nei confronti di Amelia, soprattutto per motivi politico-commerciali legati al transito sulla via Amerina.
Nell'ambito della lotta tra Papato e Impero, data la preferenza che dimostrava nei confronti della Santa Sede, Amelia subì un saccheggio ad opera delle truppe di Federico II (1240). Con questa calamità iniziò il suo declino ed il coinvolgimento nelle dispute tra Guelfi e Ghibellini, mentre permanevano costanti i tentativi dei Todini di imporre la loro supremazia.
Amelia si dette gli statuti comunali nel 1330. Verso la metà del secolo XIV la politica della città fu influenzata dal cardinale Egidio di Albornoz, che soppresse diversi oneri che Amelia aveva nei confronti di Todi.
Tra la fine del XIV secolo e l'inizio del XV ci fu un periodo di carestia, i cui effetti furono aggravati dai tributi imposti da Roma e dai taglieggiamenti operati da diversi capitani di ventura.
Con l'elezione di papa Martino V, Amelia vide confermati i propri privilegi e la città iniziò a riprendersi.
Nei secoli successivi la storia di Amelia si identifica completamente con quella dello Stato della Chiesa.
La città fu elevata a cantone con Napoleone, nel Circondario di Todi, facente parte del Dipartimento del Trasimeno, con capoluogo Spoleto.
Nel motu proprio di papa Pio VII del 6 luglio 1816 sull'organizzazione dell'amministrazione pubblica, Amelia è classificata come comunità di residenza di governatore, appartenente al Governo distrettuale di Terni della Delegazione di Spoleto della Provincia dell'Umbria, con appodiata la Comunità di Porchiano.
Nel riparto territoriale dell'anno successivo "Amelia ed annessi cioè Colcello, Foce, Fornole, Monte Campano" risulta ancora sede di governatore, cui sono soggette le comunità di Giove, Guardea, Lugnano di Amelia, quest'ultima con appodiata la Comunità di Porchiano.
Nel 1827, a seguito di un ulteriore motu proprio sull'amministrazione pubblica di Leone XII, ad Amelia furono annessi anche Sambucetole e Macchie. In tale anno il Governo distrettuale di Terni, da cui dipendeva Amelia, apparteneva alla Delegazione di Spoleto e Rieti.
Nel 1833 le furono assoggettate, in aggiunta alle precedenti, le comunità di Alviano, Attigliano, Penna e Porchiano. Amelia tornò, con il Distretto di Terni, nella Delegazione di Spoleto, più tardi Provincia di Spoleto.
Nel periodo del Risorgimento italiano, i moti del 1848-1849 trovarono in Amelia una fitta schiera di volontari.

Nel 1859 i patrioti amerini parteciparono ai moti insurrezionali, finché il 21 settembre 1860 le truppe piemontesi del generale Brignone entrarono nella città che entrò, cosi, a far parte del nuovo Stato unitario.
Nel 1876 Porchiano del Monte, fino ad allora comune autonomo, divenne frazione di Amelia.
Amelia fu ascritta alla Provincia dell'Umbria, all'interno del Circondario di Terni di cui fu uno dei tre mandamenti. Quando poi, con il regio decreto n. 1 del 2 gennaio 1927, la Provincia dell'Umbria fu soppressa e furono istituite la Provincia di Perugia e la Provincia di Terni, Amelia fu assegnata a quest'ultima.
Successivamente ha seguito le vicende istituzionali ed amministrative degli altri comuni italiani.
Attualmente fanno parte del Comune le frazioni di Collicello, Foce, Fornole, Macchie, Montecampano, Sambucetole, Porchiano del Monte.