Nel 1189, approfittando dell'assenza del duca, gli abitanti di Assisi si rivoltarono, favorendo l'ascesa al potere del Papato.
Perugia cercò di volgere a proprio vantaggio la lotta assisana e, nella battaglia di Ponte San Giovanni, sconfisse Assisi e se ne impadronì.
In seguito Assisi fu sotto il dominio dell'Impero, prima, e del Papato, poi.
Alla metà del sec. XVI fu nelle mani di vari signori, dapprima Gian Galeazzo Visconti, poi la famiglia Montefeltro, poi Braccio Fortebracci e Francesco Sforza. Alla fine del sec. XVI, l'intera Umbria fu conquistata da Paolo III, che ristabilì il controllo papale sulla città fino al 1860.

Nel 1860 venne annessa al Regno d'Italia e seguì le vicende amministrative, politiche ed istituzionali delle altre città umbre ed italiane.
Nel 1929 furono staccate le frazioni di Monteverde e Poggio Morico, aggregate a Valfabbrica.
Nel periodo successivo all'8 settembre 1943 e all'occupazione tedesca, Assisi fu invasa dai profughi, tra i quali oltre 300 ebrei. Il vescovo Giuseppe Placido Nicolini - coadiuvato dal segretario, padre Aldo Brunacci, e dal guardiano del Convento di San Damiano, padre Rufino Nicacci - trasformarono la città in uno dei principali centri della resistenza civile italiana all'Olocausto. Travestiti da frati e suore, nascosti nei sotterranei e nelle cantine, mimetizzati tra gli sfollati, provvisti di documenti falsi, gli ebrei furono protetti da una vasta rete di solidarietà che si estendeva anche ad altre zone dell'Umbria. Grazie anche alla complicità dell'ufficiale tedesco Valentin Müller, che dichiarò Assisi zona franca ospedaliera, nessun ebreo venne deportato da Assisi. Nel 2004 alla città di Assisi venne conferita la medaglia d'oro al valor civile per l'impegno dimostrato dall'intera popolazione.