L'ospedale-manicomio resterà sotto la guida dei Fatebenefratelli fino al 1902. Nell'isola di San Servolo a partire dal 1804 sono accolti pazienti di entrambi sessi: uomini e donne provenienti da tutte le Province venete (Belluno, Padova, Rovigo, Treviso, Udine, Venezia, Verona e Vicenza), dalla Dalmazia e dal Tirolo e il manicomio di San Servolo, ad eccezione della Sezione provvisoria Alienate dell'Ospedale civile dei santi Giovanni e Paolo fondata nel 1825, sarà l'unico esistente in tutte le Venezie fino all'istituzione di quello femminile di San Clemente di Venezia, avvenuta nel luglio del 1873.
Nel 1808 San Servolo cessa l'attività di Ospedale militare e le milizie vengono trasferite nell'Ospedale della veneta marina.

Manicomio e Ospedale dei 60 Piagati, (1809-1834) - Venne istituito nel 1780 grazie alla disposizione testamentaria della nobil donna Anna Vendramin Loredan, che devolvette una cospicua somma per il «mantenimento di n. 60 poveri schifosi, vaganti per la città», i quali furono collocati prima nell'Ospedale degli incurabili e dal 1809 nell'isola di San Servolo. In questo periodo convivono nell'ospedale uomini e donne pazzi, e uomini e donne piagati: le piagate vi resteranno fino all'ottobre 1829, le maniache fino al maggio del 1834, poi saranno trasferite nell'Ospedale civile dei Santi Giovanni e Paolo.

Manicomio e Ospedale Maschile, (1834-1871) - Nell'isola sono ricoverati solo pazienti di sesso maschile, affetti da diverse manie (i pazzi) o da malattie chirurgiche (i piagati).
L'ospedale come si legge nello «Statuto ufficiale per il Morocomio di San Servolo» del 1848 dichiarava i propri scopi istituzionali «[...] dobbiamo impegnare l'opera nostra a pro di quelli infelici, che per loro somma fatale disgrazia hanno la mente deviata dalla normale.[...] La perdita del senno tra gli umani infortuni è il più terribile, che addimanda maggior compassione».
Sempre dallo «Statuto ufficiale» ricaviamo come era organizzato il personale amministrativo-sanitario, con qualifica e ruolo di ciascuno, e con le relative competenze e responsabilità da svolgere all'interno del morocomio. Il personale era suddiviso in due categorie, nella prima, che riguardava gli «ufficiali religiosi», rientravano: direttore (padre priore), vice-direttore (vicario), ispettore (dottorato), vice-ispettore (dottorato); due sacerdoti, "speziale" (farmacista), procuratore, guardarobiere, sacrestano, dispensiere e tre infermieri. Nella seconda, relativa al personale «ufficiale non religioso», rientrava un medico.

Opera Pia Autonoma Manicomio Maschile Veneto di San Servolo (1872-1903) - Istituita con lo scopo di provvedere alla «cura, custodia e mantenimento dei maniaci appartenenti alle Provincie venete». È composta da un Consiglio di amministrazione formato dai membri delle province venete di Belluno, Padova, Rovigo, Treviso, Udine, Venezia, Verona e Vicenza; quest'ultime sono proprietarie dell'istituto e dispongono ciascuna di un certo numero di "piazze", i cosiddetti posti letto, dove inviare i propri malati di mente. Con cadenza trimestrale le province devono provvedere al pagamento delle dozzine. Oltre alle piazze di proprietà delle province, il manicomio ne riservava alcune destinate ai «dozzinanti», malati il cui sostentamento era a carico dei familiari, e altre al «Legato Manin», secondo le disposizioni del relativo lascito testamentario.

Opera Pia Manicomi Centrali Veneti di San Servolo e di San Clemente. Istituto di San Servolo (1904-1931)

Ospedale Psichiatrico Provinciale di San Servolo di Venezia, (1931-1978) - Con il decreto legislativo 22 ottobre 1931 l'Opera pia manicomi centrali veneti di San Servolo e di San Clemente cessa la propria attività istituzionale; la proprietà con le relative competenze e funzioni amministrativo-sanitarie dei due manicomi viene trasferita, da questo momento, in capo alla Provincia di Venezia che le mantiene fino al 13 agosto 1978, quando a seguito della legge n. 180 del 1978 si sancisce la definitiva chiusura degli ospedali psichiatrici. Tutti i ricoverati presenti a quella data vengono trasferiti nell'ospedale psichiatrico Ospedale Psichiatrico "A. Pancrazio" di Marocco di Mogliano Veneto (TV).