Nel 1786 il Granduca abolì la storica carica della Balìa, istituendo l'amministrazione del Comune di Siena, composta dal Gonfaloniere, i Priori e i Consiglieri. Per il Monte l'abolizione della magistratura cittadina comportò l'istituzione della Deputazione, composta dal Provveditore e da otto membri, per vigilare sul corso degli affari e sugli eletti dalla comunità civica, mentre il Governo Granducale continuava a riservarsi la nomina del provveditore e di altri dirigenti. Il privilegio dei nobili venne abolito solo nel 1863. Nel 1833 il Monte dette vita ad un Cassa di risparmio, assorbita al suo interno nel 1872. Con l'Unità d'Italia il Monte inaugurò, per primo, l'esercizio del credito fondiario, riallacciandosi alla sua tradizionale attività istituzionale. Di lì a poco ebbe inizio la storia moderna della Banca, con l'approvazione, mediante un R.D.L. del 1872, dello Statuto elaborato dal Consiglio Comunale di Siena, con cui si affermava, all'articolo uno che il Monte dei Paschi fosse un'istituzione della città di Siena e come tale il Comune ne esercitava la soprintendenza, la direzione, la tutela e l'amministrazione per mezzo di un consiglio elettivo. Gli uffici e gli impieghi venivano conferiti dal Consiglio comunale su proposta della Deputazione, salvo per gli impieghi minori. Una norma stabiliva inoltre che la metà degli utili netti venisse destinata ad aumentare il patrimonio del Monte, mentre la restante parte poteva essere erogato in opere di beneficenza e pubblica utilità per la città di Siena. Il nuovo Statuto confermava la forte caratterizzazione locale dell'Istituto, nonostante la sua ascesa in ambito nazionale, con una costante politica di allargamento della sua sfera territoriale. A cavallo tra il XIX e il XX secolo, il Monte dei Paschi, oltre allo sviluppo delle sue operazioni, contribuì al progresso sociale di Siena attraverso ampie erogazioni in favore dell'Università, di ricoveri, asili, opere di carità, case popolari, incoraggiamenti agricoli e restauri d'arte. La classe dirigente di Siena passava attraverso la Deputazione del Monte, influenzata di volta a volta dai gruppi liberali, conservatori e monarchici, presenti o prevalenti nel Comune. Nel 1936 si giunse ad una svolta cruciale nella storia del Monte dei Paschi. Con il R.D.L. n. 375 del 12 marzo 1936 (Decreto per la salvaguardia del risparmio e per l'esercizio del credito), il Monte venne dichiarato Istituto di diritto pubblico, chiarendo la sua natura giuridica con tutte le conseguenze che ne derivarono, salvo quella riguardante il rapporto di impiego, che rimase di natura privatistica. L'Amministrazione comunale cercò invano di evitare l'applicazione del nuovo Statuto, anche ricorrendo al Consiglio di Stato e prospettando la lesione di diritti storici e degli interessi della comunità civica senese. Nello Statuto, infatti, veniva tolto ogni riferimento alla sovrintendenza, tutela o amministrazione anche indiretta da parte del Comune. I nuovi organi erano la Deputazione amministratrice, il Comitato esecutivo, il Direttore generale e il Collegio dei sindaci. Il Presidente-Provveditore era nominato con decreto del Capo del Governo, mentre tre Deputati dal Comitato interministeriale del credito (tra persone che avessero la residenza in zone in cui il Monte dei Paschi fosse stabilito) e quattro dal Comune di Siena. Il Comitato esecutivo era composto dal Presidente, dal Direttore generale e da tre Deputati, di cui uno di nomina governativa. Il Direttore generale veniva nominato dall'Ispettorato del Credito, su proposta della Deputazione, mentre i tre sindaci erano espressione del Comune, del Consiglio provinciale dell'economia corporativa e dell'Ispettorato del credito. In seguito a forti pressioni provenienti dall'ambiente senese, nel 1939 il Capo del Governo, tramite un nuovo decreto, modificò alcune parti dello Statuto: la Deputazione acquistò un deputato, nominato dalla Provincia e venne inserita la figura del Vice Presidente, eletto in seno alla Deputazione stessa. Anche l'erogazione degli utili fu oggetto di discussione, consentendo alla Deputazione la destinazione in opere di beneficenza o pubblica utilità a vantaggio della città di Siena e delle sue istituzioni, per una quota non inferiore ai tre quarti degli utili disponibili, comprese le contribuzioni di carattere contrattuale. Il passaggio dal regime fascista alla democrazia non comportò crisi particolari nel Monte né problemi di nomine di commissari straordinari, a parte le dimissioni degli amministratori nominati prima della liberazione. La nuova Deputazione fu nominata nel gennaio del 1945. La notevole espansione intrapresa dall'Istituto sin dagli anni Ottanta, rese lo statuto del 1936 inadeguato. Soprattutto nel periodo tra il 1990 ed il 1995 il Monte dei Paschi di Siena iniziò una stategia di diversificazione della propria attività nel settore della bancassicurazione, con Monte dei Paschi Vita, ed in quello dei fondi comuni d'investimento, tramite Ducato Gestioni. Nel 1990 acquisitò il controllo del Mediocredito regionale toscano e dell'Istituto nazionale per il credito agrario - INCA, le cui attività confluirono in MPS Banca per l'Impresa. Notevoli furono anche le acquisizioni di partecipazioni di controllo in banche estere, in Belgio, Svizzera e Francia. Il decreto del Ministero del Tesoro dell'8 agosto 1995 dette origine a due enti distinti tra loro: la Banca Monte dei Paschi di Siena Spa e la Fondazione Monte dei Paschi di Siena, quest'ultima con finalità statutarie comprendenti l'assistenza e la beneficenza, le attività di utilità sociale nei settori dell'istruzione, della ricerca scientifica, della sanità e dell'arte, soprattutto con riferimento alla città ed alla provincia di Siena. Il 25 giugno 1999 la Banca Monte dei Paschi di Siena venne quotata in Borsa, inaugurando una nuova ed intensa fase di espansione territoriale ed operativa mediante partecipazioni in banche regionali con forte radicamento territoriale: la Banca Agricola Mantovana (BAM) per il nord e la Banca del Salento (poi Banca 121) per il sud. L'affermazione di un modello specialistico multimercato è legato alle recenti iniziative nel settore del credito specializzato al consumo, con la costituzione delle società Consum.it, e nel settore dell'investment banking, del risparmio gestito e del parabancario, con la banca MPS Leasing & Factoring.
Infine, alla fine del 2007, il Monte dei Paschi di Siena ha raggiunto un accordo con Banco Santander per l'acquisto di Banca Antonveneta, banca padovana controllata da ABN Amro.