Scheggino, come altri borghi vicini, assunse fin dai secc. XIII e XIV una certa importanza strategico-economica, rimanendo fedele al Ducato di Spoleto; fedeltà che gli causò un duplice assedio e conseguente saccheggio da parte dei nemici di questa città, sia nel 1391 che nel 1552, durante l'insurrezione dei castelli della Valnerina guidati da Petrone da Vallo e Piccozzo Brancaleoni. Tuttavia godette di una particolare autonomia anche dopo l'assoggettamento a Spoleto, dotandosi di un proprio statuto nel 1561.
L'importanza economica di Scheggino fu destinata ad aumentare sotto lo Stato pontificio quando nel 1635 Urbano VIII, per intervento del cardinale Poli proprietario di una villa in questo luogo, fece attivare una fonderia per la lavorazione del materiale ferroso estratto dalla miniera di Monteleone di Spoleto, adeguando anche la strada della Valcasana al trasporto dei materiali.
Durante l'invasione francese dal 1798 al 1814, seguì le vicende delle altre località umbre.
Nel motu proprio di papa Pio VII del 6 luglio 1816 sull'organizzazione dell'amministrazione pubblica e nel riparto territoriale dell'anno successivo, fu classificato come appodiato sottoposto al Governo, Distretto e Delegazione di Spoleto nella Provincia dell'Umbria.
Nel 1827, a seguito di un ulteriore motu proprio sull'amministrazione pubblica di Leone XII, la Comunità di Scheggino fu sottoposta alla Podesteria di Sant'Anatolia, a sua volta dipendente dal Governo e Distretto di Spoleto nella mutata Delegazione di Spoleto e Rieti, successivamente tornata Delegazione di Spoleto.
Nell'ultimo riparto territoriale dello Stato pontificio, quello del 1858, il Comune di Scheggino ritornò alla dipendenza del Governo di Spoleto nella Provincia di Spoleto.

Nel 1860 Scheggino entrò a far parte del nuovo Stato unitario nella Provincia dell'Umbria, Circondario e Mandamento di Spoleto. Quando poi, con il regio decreto n. 1 del 2 gennaio 1927, la Provincia dell'Umbria fu soppressa e, contestualmente, furono istituite la Provincia di Perugia e la Provincia di Terni, Scheggino fu assegnata alla prima.
Intanto, a seguito della deliberazione favorevole del consiglio provinciale del settembre 1868 e poi con la delibera del consiglio del 28 marzo 1875, il Comune di Ceselli era stato soppresso e aggregato a quello di Scheggino. Con analoga delibera del 1° aprile 1875 era stata sancita anche l’aggregazione di Civitella e di Monte San Vito, già appodiati di Sant'Anatolia di Narco.
Durante il regime fascista, il Comune ebbe analoghe sorti degli altri comuni, con l'abolizione del sistema elettivo e la presenza di un podestà di nomina regia che assommava in sé le funzioni degli organi amministrativi di origine elettiva e quelle del sindaco in qualità di ufficiale di governo.
Caduto il regime fascista, il regio decreto 4 aprile 1944 n. 111, ripristinò il sindaco e la giunta municipale, attribuendo ai prefetti il compito di provvedere temporaneamente alla nomina di sindaci e assessori in attesa di poter indire le elezioni per la ricostituzione delle amministrazioni locali. Con il decreto legislativo luogotenenziale del 7 gennaio 1946 n. 1, vennero ricostituite le amministrazioni comunali su base elettiva.