La Deputazione umbra non si interessò - e non si interessa - soltanto all'edizione delle fonti storiche ma anche alla tutela del patrimonio monumentale e cittadino; numerosi sono in archivio i carteggi e le relazioni su interventi di restauro in palazzi storici.
A partire dal 1903, accanto alla Società romana di storia patria, incalzò il Ministero della pubblica istruzione perché intervenisse a frenare la cattiva abitudine delle amministrazioni comunali a cambiare i nomi delle vie (rischiando spesso di perdere la memoria storica racchiusa nelle denominazioni). Inoltre, a partire dal 1903, i soci si adoperarono per raccogliere in sede calchi di sigilli e fotografie di monumenti; due raccolte, ancora oggi conservate.
Nonostante le ristrettezze dei finanziamenti ed alcune difficoltà amministrative (dovute all'inesperienza), l'attività della Deputazione, nei primi quindici anni, fu instancabile, tanto che nell'adunanza del consiglio del 29 ottobre 1907 si deliberò di aprire una seconda collana accanto a "Fonti", intitolata "Appendici al Bollettino". Nel frattempo l'attività di scambio di pubblicazioni con le altre deputazioni e società storiche, favorì la nascita spontanea di una biblioteca, che per mancanza di spazio, fu consegnata alla Biblioteca comunale Augusta di Perugia.
Con la partecipazione dell'Italia al primo conflitto mondiale l'attività della Deputazione fu inevitabilmente ridotta e risentì dei quotidiani disagi; l'istituzione però non chiuse.
Quando nel 1921 iniziò a ripristinarsi la normalità, l'allora presidente, Francesco Guardabassi (presidente negli anni 1921-1935), promosse la regolare uscita del "Bollettino" e la necessità di divulgare gli studi fatti e in corso attraverso incontri fra i soci.
Negli stessi anni emerse a Perugia la necessità di raccogliere in un unico luogo i documenti di tutto il territorio, tanto che, in assenza di un archivio di Stato, la Deputazione si candidò essa stessa per la soddisfazione di tale compito.
La necessità di rispondere meglio alle esigenze dei soci e di migliorare il funzionamento amministrativo portò, nel 1932, al rinnovo dello statuto. Nel nuovo fu aumentato il numero dei soci, fu precisato il territorio d'azione della Deputazione e si chiarirono i compiti del presidente e del direttivo.
Tra il 1934 e il 1935 la riforma degli istituti storici nazionali, sottoposti ad un attento controllo da parte della Ministero dell'educazione nazionale e della Giunta, comportò a volte l'esclusione, altre le dimissioni di alcuni soci. Nonostante le condizioni precarie e la stretta vigilanza, sotto la presidenza Achille Bertini Calosso si incentivò l'organizzazione di convegni: nel 1939 a Orvieto in memoria di Fumi, nel 1942 a Gubbio sull'archeologia. La presidenza Bertini Calosso promosse inoltre l'apertura del "Bollettino" a tutti i contributi che fossero scientificamente validi, senza limitazioni cronologiche (iniziativa che era già stata discussa nei primi del Novecento).
A partire dal 1945 la Deputazione tornò a respirare, grazie anche al sostegno della Giunta centrale per gli studi storici, a capo della quale si trovò il commissario Gaetano De Sanctis. Riprese l'attività di pubblicazione e si organizzò a Perugia, ne giorni 26 e 27 aprile del 1946, il Secondo convegno storico umbro (il primo fu quello di Orvieto del 1939).
Nel 1947 tutte le deputazioni furono commissariate e per l'Umbria venne nominato Achille Bertini Calosso, che donò nuovamente slancio e sicurezza all'attività della Deputazione. Egli riprese l'attività editoriale con il recupero, in particolare, di articoli già da tempo consegnati ma non ancora pubblicati, e quella congressuale, organizzando il Terzo convegno storico umbro a Gubbio.
Emerse, in questi anni, la figura di Giovanni Cecchini (a capo della Deputazione dal 1955 al 1976) che divenne commissario straordinario nel 1955; fu sua l'iniziativa di valorizzare la memoria di Bertini Calosso, intitolandogli una fondazione all'interno della Deputazione.
Il 6 luglio 1958, riunito il consiglio della Deputazione, il presidente lesse una lettera di Emilio Ardu, che "con l'appoggio del socio prof. Ignazio Baldelli, propone che la Deputazione assuma l'iniziativa di una celebrazione del settimo centenario di Raniero Fasani e del Movimento dei disciplinati, con un programma di massima che lo stesso p. Ardu traccia". Tale iniziativa diventò effettivamente l'oggetto di un convegno che attirò a Perugia un folto pubblico dal 25 al 28 settembre 1960. Un altro socio della Deputazione, Raffaello Morghen, propose la realizzazione di uno schedario sui disciplinati (oggi ancora presso la Deputazione) e l'interesse per questi studi fece sì che nel consiglio del 24 febbraio 1963 si emettesse un regolamento per il funzionamento, all'interno della Deputazione, di un Centro di documentazione sul movimento dei disciplinati. A partire dal volume LX (1963) il "Bollettino" accolse così anche una sezione apposita per gli studi del Centro, mentre una collana specifica, i "Quaderni", fu aperta a partire dal 1965.
Parallelamente a quella del Centro proseguì anche l'ormai consolidata attività della Deputazione che, oltre all'uscita regolare della rivista, riprese l'organizzazione di convegni: nel 1961 si realizzò il convegno storico regionale su "Storiografia e storiografi in Umbria nel secolo XIX" e, l'anno successivo, quello per la commemorazione della nascita della Deputazione di storia patria per la Toscana e l'Umbria.
Nel 1963 fu indetto il Quinto convegno storico regionale a Città di Castello, dedicato alla produzione libraria; due anni dopo, il Sesto convegno storico su Dante e l'Umbria, itinerante tra Perugia e Assisi. Itinerante tra Perugia e Casalina di Deruta fu anche il Settimo convegno, tenuto nel 1966 e che ebbe come tema il millenario dell'Abbazia di San Pietro.
Fin dal 1966 la direzione della Deputazione percepì la necessità di modificare nuovamente lo statuto; il nuovo statuto fu approvato con dPR n. 245 del 28 gennaio 1972. In base ad esso aumentò il numero dei soci, ma soprattutto si pose maggior cura alle cariche amministrative della Deputazione; furono ribaditi gli scopi editoriali della Deputazione, come pure quello di organizzare convegni e incontri. Il "Bollettino" continuò ad essere pubblicato regolarmente, con l'uscita di un volume l'anno (di due o più fascicoli), mentre nel 1969, nella collana dedicata al Movimento dei disciplinati, fu pubblicato il volume "Risultati e prospettive della ricerca sul Movimento dei disciplinati", frutto del convegno tenutosi nel 1969 a Perugia. Nella collana "Appendici al Bollettino", invece, furono editi gli atti dei convegni "I paesaggi rurali europei" (convegno del 7-12 maggio1973, atti pubblicati nel 1975: Appendici 12) e "Rapporti artistici fra le Marche e l'Umbria" (convegno Fabriano-Gubbio 8-9 giugno 1974, atti pubblicati nel 1977: Appendici 13): convegno internazionale il primo e interregionale il secondo.
Sotto la presidenza Cecchini (1955-1976), piuttosto centralizzata stando alle poche riunioni dei soci, la Deputazione fu promotrice, presso la Giunta centrale per gli studi storici, del ruolo che tali istituzioni avrebbero dovuto ricoprire alla luce del cambiamento dei tempi. Cecchini e altri soci avrebbero voluto che le deputazioni assumessero il controllo delle attività culturali nelle varie regioni e, assecondando tale richiesta, la Giunta centrale indisse a Roma, nel febbraio 1964, un incontro di tutte le deputazioni e degli istituti storici. Tale progetto fu però successivamente abbandonato.
L'assemblea straordinaria dei soci ordinari del 12 gennaio 1975 deliberò che il Centro sul movimento dei disciplinati fosse separato dalla Deputazione e dichiarato ente autonomo. Paolo Brezzi, Giovanni Cecchini, Franco Mancini, Giocondo Ricciarelli, Leopoldo Sandri furono nominati membri della Commissione per la redazione dello statuto, che ottenne l'approvazione con d.P.R. n. 1092 del 23 dicembre 1977. In questa nuova veste il Centro visse attivamente sotto la presidenza di Giovanni Cecchini e quindi di Ugolino Nicolini.
Nel frattempo però Giovanni Cecchini si dimise da presidente della Deputazione (consiglio del 21 dicembre 1975 e assemblea degli ordinari del 28 marzo 1976), che pure avrebbe voluto che continuasse nel suo incarico, per ragioni personali e di circostanza. La stessa assemblea dei soci ordinari, dopo lunga discussione, elesse come presidente Lorenzo Meloni (anni 1976-1984).
Negli otto anni che seguirono il "Bollettino" uscì regolarmente, anche se le ristrettezze economiche ridussero la pubblicazione ad un solo fascicolo l'anno. Vennero realizzate altresì importanti pubblicazioni tra cui "Annali tipografici di Orvieto" (Fonti 11, 1977); la "Raccolta di voci bibliografiche" (Fonti 13, 1977) dell'area di Terni; il volume primo del "Codice diplomatico del Comune di Perugia"; il terzo e il quinto volume della collana di Sassovivo.
A Spoleto, il 25 ottobre 1981, si tenne l'incontro su "Bibliografia e archivistica nella ricerca storica in Umbria". L'11 e 12 dicembre dell'anno successivo gli istituti storici umbri si incontrarono invece a Orvieto per riflettere sul loro futuro.
Sempre nel 1981 ripresero, inoltre, le convocazioni delle assemblee generali dei soci, interrotte dal 1966. Durante la presidenza Meloni avvenne anche il cambio di sede, da Palazzo dei Priori a Palazzo della Penna e il lavoro di schedatura dei numerosi volumi della biblioteca. Quest'ultimo impegno fu affidato a Stefano Branda.
Dopo la prematura morte del presidente Meloni l'assemblea degli ordinari, riunitasi il primo luglio 1984, approvò la candidatura a presidente dello spoletino Giovanni Antonelli (anni 1984-1996), dirigente dell'Amministrazione archivistica centrale e già direttore del Centro di studi sull'Alto Medioevo di Spoleto. Un personaggio che seppe offrire tutta la sua esperienza alla crescita della Deputazione e aprì l'associazione alle collaborazioni. Durante il suo mandato, rinnovato nel 1988 e poi nel 1992, le convocazioni del consiglio furono frequenti; regolare fu anche la convocazione dell'assemblea annuale dei soci ordinari e, a partire dal 1990, si introdusse la consuetudine di riunire tutti i soci in apertura dell'anno accademico. Accanto al "Bollettino", la cui uscita si mantenne regolare, si pubblicarono numerosi volumi ed atti di convegni, organizzati dalla stessa Deputazione. Una battuta d'arresto subì, invece, il Centro sul movimento dei disciplinati, a seguito della morte di Nicolini, suo presidente, avvenuta il 21 luglio 1991; mancando iniziative e coordinamento l'inattività del Centro portò l'assemblea dei soci ordinari del 1995 a deliberare il riassorbimento di questo nella Deputazione, al fine di unire forze e risorse.
La Deputazione stava, intanto, definendo le celebrazioni del suo primo centenario dalla nascita, avvenute nel febbraio 1996.
Nel 1996 fu eletto presidente Mario Roncetti (dal 1996 al 2000), che portò avanti l'attività della Deputazione con zelo e cura, supportato anche dalla segretaria Paola Pimpinelli. Il sostegno del Ministero, fino a quel momento abbastanza cospicuo, divenne sempre meno sostanzioso tanto che iniziò una lenta erosione del capitale della Deputazione. L'attività editoriale fu supportata presentando domande di finanziamento a banche e fondazioni locali.
Sotto la presidenza di Attilio Bartoli Langeli (2000-2012), la situazione finanziaria della Deputazione non è migliorata e il consiglio, più volte, è stato posto nella condizione di dover rispondere all'autore di una ricerca che il lavoro presentato sarebbe stato pubblicato soltanto con garanzie sulla copertura della spesa. Nonostante ciò, l'attività della Deputazione non è stata ridotta: i soci ed abbonati sono andati sempre aumentando e le pubblicazioni sono state incentivate.
Nel 2000 è stata deliberata la nascita di una nuova collana intitolata "Statuti comunali dell'Umbria", diretta da Maria Grazia Nico Ottaviani.
Nel 2012 è stata eletta presidente Paola Monacchia, in carica fino al 2020, quando è stata sostituta da Mario Squadroni. Sotto la presidenza di quest'ultimo è stato approvato un nuovo statuto, registrato in data 2 novembre 2020, che ha sancito l'appartenenza della Deputazione alle associazioni di promozione sociale (D. Lgs. 117/2017), pur mantenendo continuità con le finalità espresse fin dalla prima istituzione.

(Le informazioni della presente scheda sono tratte dall'inventario on line).