Quando nel 1798 venne proclamata la Repubblica romana, a Vallo di Nera, comunità con meno di diecimila abitanti, fu designato un edile, come rappresentante della municipalità di Vallo, Piedipaterno, Geppa e Grotti.
Nel 1799, dopo il ritiro dell’esercito francese e l’arrivo delle truppe dell’amministrazione provvisoria austriaca, si istituì un governo provvisorio; nel 1800 si ripristinò l’amministrazione ordinaria con le normali magistrature.
Dal 1809 al 1814 le comunità di Vallo, Meggiano, Paterno, Geppa fecero nuo-vamente parte del Cantone rurale di Spoleto.
Dopo il crollo dell’impero napoleonico e la Restaurazione, Vallo di Nera subì varie vicende amministrative: nel 1816 fu appodiata al Comune di Spoleto insieme a Meggiano e Paterno; nel 1817 Geppa e Vallo furono mantenute sotto Spoleto mentre Meggiano e Paterno risultano appodiate al Comune di Campello. Nel 1827, in seguito al riassetto territoriale e alla riforma amministrativa dello Stato pontificio, la città di Spoleto divenne anche sede di Governatorato, da cui dipendevano cinque comunità podestarili: una, unica, nella Val di Narco con sede a Sant'Anatolia, cui fu appodiata Vallo di Nera. Dal 1833 all’Unità, infine, Meggiano e Paterno, Piedipaterno e Vallo costituirono tre comunità separate, soggette, come Sant'Anatolia di Narco, al Governatore di Spoleto.

Nel 1868 la Deputazione provinciale di Perugia propose la soppressione dei comuni di Vallo di Nera, Castel San Felice, Scheggino, Ceselli e la loro aggregazione al Comune di Sant'Anatolia di Narco. Il 14 settembre dello stesso anno il Consiglio provinciale approvò la soppressione dei soli Comuni di Vallo di Nera e di Castel San Felice. Il 21 novembre 1869 la Deputazione provinciale ripropose l’unificazione dei cinque comuni indicando Sant'Anatolia di Narco come principale comune della zona. Sempre nello stesso periodo venne proposta l’aggregazione del Comune di Meggiano, attualmente frazione di Vallo di Nera, al Comune di Cerreto di Spoleto; ma il consiglio comunale di Meggiano decise il 19 novembre 1871 di trasferire la propria sede municipale a Piedipaterno, onde evitare la soppressione anche di quest’ultimo.
Nel maggio del 1881 avvenne l'unificazione del Comune di Meggiano e Paterno con quello di Vallo di Nera.
Da allora cominciò ad operare il Comune di Vallo di Nera con sede a Piedipaterno, frazione equidistante da Vallo di Nera e da Meggiano e Paterno.
Nel 1927, con r.d. 337, il Comune venne di nuovo soppresso ed aggregato al Comune di Spoleto; come amministratori furono inviati nei comuni soppressi dei delegati podestarili.
Il r.d. del 22 agosto 1930 stabilì la ricostituzione del Comune di Vallo di Nera, che iniziò di nuovo ad operare nella sede prescelta nel 1871, Piedipaterno.