Il trapasso dall'organizzazione comunale ad una più diretta dipendenza dall'appartato dello stato pontificio avvenne con l'istituzione della Prefettura della Montagna, voluta da Pio V nel 1569 e comprendente il territorio di Norcia, Visso, Cerreto, Cascia e Monteleone; il prefetto e i suoi rappresentanti esercitavano il potere giudiziario, ma anche quello politico-amministrativo.
Con la proclamazione della Repubblica romana si ebbe lo sconvolgimento di tale assetto politico-amministrativo. Nel 1798 a Monteleone venne costituita la Municipalità con a capo l'edile che fu assegnata al Cantone di Cascia, Dipartimento del Clitunno.
Cacciati i francesi, nel 1799 furono stabiliti governi provvisori fino a quando il governo pontificio il 26 giugno 1800 tornò in possesso del suo territorio. A Monteleone venne ripristinata la magistratura dei priori e fu inviato un vice governatore quale rappresentante del potere centrale. Nel 1802 Monteleone tornò a far parte della ricostituita Prefettura della Montagna e fu di nuovo introdotta la magistratura del luogotenente, che si sostituì a quella del vice governatore, continuando ad esistere il collegio dei priori.
Con la seconda invasione francese (1809-1814), in tutto il territorio occupato fu istaurata una nuova amministrazione. Tra le principali novità vanno segnalate l'introduzione del maire (a capo della municipalità) e l'istituzione dello stato civile che a Monteleone fu operante dal 1810. Con la suddivisione del territorio del Dipartimento del Trasimeno, Monteleone fu assegnato al Cantone di Cascia compreso nel Circondario di Spoleto.
Dopo la caduta dell'Impero nel 1814 anche a Monteleone fu istituita una Reggenza provvisoria. Nel 1815 si tornò alle precedenti magistrature del luogotenente e dei priori.
A seguito delle disposizioni del 6 luglio 1816 di Pio VII, Monteleone entrò a far parte della Delegazione di Spoleto e vi fu inviato un Governatore. Avendo un numero di abitanti superiore a mille, gli organi del Comune erano il consiglio, composto da ventiquattro membri più i rappresentanti del clero, la magistratura formata dal gonfaloniere e da quattro anziani.
A partire dal 1817, in base all'editto del cardinal Consalvi, Monteleone non fu più sede di governo ma entrò a far parte del governo di Cascia. Questa situazione rimase inalterata fino al motu proprio di Leone XII del 5 ottobre 1824 e a quello del 21 dicembre 1827 che modificò le delegazioni: Monteleone fu compresa in quella di Spoleto e Rieti, fu ridotto il numero di consiglieri a sedici e il gonfaloniere fu sostituito dal priore.
Con l'editto del cardinale Berbetti del 5 luglio 1831, si ritornò in parte alla normativa emanata da Pio VII: i componenti del consiglio tornarono ad essere ventiquattro e vennero separate le delegazioni di Spoleto e Rieti.
Nel 1833 Monteleone dipendeva dal Goverantore di Cascia senza più la presenza del podestà.
Con l'editto del 24 novembre 1850 del cardinale Antonelli, i comuni vennero suddivisi in cinque classi e Monteleone fu attribuito alla quarta (da 1000 a 5000 abitanti): il consiglio comunale fu nuovamente ridotto a sedici unità come nel 1827 e a capo dell'amministrazione venne nominato un priore, coadiuvato da quattro anziani.
Tale situazione amministartiva rimase invariata fino all'Unità d'Italia, anche dopo l'istituzione della Provincia di Spoleto nel 1858.

Nel nuovo Regno d'Italia Monteleone di Spoleto entrò a far parte della Provincia dell'Umbria e successivamente, quando fu costituita la Provincia di Terni, rimase nella Provincia di Perugia.
Seguì le vicende amministrative di tutti gli altri comuni italiani.