Nei dodici articoli di questi primi statuti erano stabilite le norme della Confraternita: modalità di ingresso e cerimonie di ammissione; tempi e modi della preghiera e dei digiuni, della confessione e della comunione eucaristica; norme di comportamento ed atteggiamento da tenere nell'oratorio e nell'occasione di viaggi che allontanassero i disciplinati per più di otto giorni da Assisi; divieto all'uso delle armi; frequenza alle riunioni; modalità delle visitazioni, cioè delle punizioni delle colpe personali; indicazione delle colpe e dei peccati più gravi con relative pene; norme per il festeggiamento del santo patrono Stefano e per le processioni pubbliche; modalità di assistenza dei malati, di registrazione delle loro ultime volontà, di partecipazione ai funerali dei confratelli. Gli ultimi due capitoli dettavano, infine, le regole per l'elezione del priore e degli altri ufficiali, tra cui emergevano il vicepriore e il primo collaboratore, il sacrista, che puliva e conservava i paramenti liturgici e gli arredi dell'altare, il camerario, esattore della comunità, gli infermieri, per l'assistenza ai malati, i vestiari, custodi delle vesti liturgiche dei disciplinati, il notaio, con il compito di scrivere decisioni, sentenze e penitenze, citazioni, cessazioni e sospenzioni redigendole, se necessario, anche in forma pubblica, il portinaio, custode dell'accesso all'oratorio.
Questi primi statuti furono riformati nel XVI e XVII secolo, ma le costituzioni modifiche non ci sono pervenute.
La Confraternita di Santo Stefano è, invece, citata nella visita apostolica di monsignor Pietro Camaiani del 1573; all'epoca era costituita da 125 membri, 100 uomini e 25 donne, aveva un reddito ammontante ad una soma di grano e 50 barili di vino e praticava l'elargizione di elemosine e l'accoglienza di malati e pellegrini nel proprio ospedale. Nel 1668, grazie ad un lascito, aveva anche una copsicua somma da distribuire in tre doti annuali alle zitelle povere che, più tardi, dopo l'aggiornamento delle costituzioni del 1835, fu per sei di loro. Nel 1735, intanto, i membri erano ancora 103, mentre non c'erano più donne associate.
L'ulteriore rinnovamento delle costituzioni avvenne, appunto, nel 1835, su sollecitazione del vescovo di Assisi Domenico Secondi. Ne furono incaricati due fratelli, Lorenzo Carpinelli e Luigi Paffi, che ne conclusero il testo il 10 novembre, sottoponendolo all'approvazione di tutti gli altri, prima, e del vescovo, poi. Dall'introduzione alle stesse risulta l'affiliazione da "immemorabile tempo" alla Confraternita di San Giovanni in Laterano, come pure l'iscrizione al sodalizio, nel corso dei secoli, delle più illustri e distinte famiglie di Assisi, di prelati, vescovi, cardinali, tra cui San Giuseppe da Copertino.
Doveva entrare a far parte della Congregazione di carità di Assisi a seguito della delibera di concentramento dell'agosto 1891; figura, però, nell'elenco delle confraternite destinate al culto che, nel 1902, non erano state ancora concentrate.
La documentazione d'archivio ne attesta l'attività fino al 1964.
Risulta in un elenco del 2007 dell'Ufficio territoriale del governo di Perugia riportante le confraternite che hanno ottenuto il riconoscimento della personalità giuridica, fornito alla Soprintendenza archivistica per l'Umbria; in tale elenco è associata alla Parrocchia di Santa Maria Maggiore di Assisi.