Sono conservati inoltre i documenti delle amministrazioni cittadine succedutesi tra la caduta dell'antica Repubblica (1797) e la seconda guerra mondiale (1945). Si tratta cioè delle amministrazioni sotto la Repubblica Ligure, l'Impero francese, la breve restaurazione della Repubblica di Genova (1814), il Regno di Sardegna e il Regno d'Italia.
Dall'Unità al 1945, i documenti dell'amministrazione comunale di Genova sono raccolti in due grandi fondi (1860 - 1909 e 1910 - 1945) comprendenti circa quattromila unità archivistiche, a cui si sono aggiunti recentemente i progetti edilizi di Genova, dalla Lanterna al Bisagno, degli anni 1868 - 1925.
Altra vasta sezione dell'Archivio Storico è quella costituita dai documenti dei diciannove Comuni annessi nel 1926 per formare la Grande Genova, che comprende quasi cinquemila unità archivistiche ( secoli XIX-XX), comprese filze e registri del Capitanato di Voltri (secoli XVI - XVIII).
A parte è conservato l'Archivio Storico di Stato Civile, comprendente gli indici e i registri di nascita, matrimonio e morte degli anni 1796-1814 e 1828-1854, i volumi di quattro Censimenti ottocenteschi ( 1808, 1827, 1856 e 1871), oltre ai registri delle Leve dall'epoca napoleonica al 1910. L'Archivio Storico possiede anche una notevole raccolta di manoscritti dei secoli XV - XVIII, in gran parte relativi alla storia di Genova e alcune centinaia di autografi. Si conservano, inoltre, gli archivi delle famiglie Brignole Sale e De Ferrari (secc. XV-XIX), ceduti al Comune nel 1927 dagli eredi di Filippo De Ferrari, figlio di Raffaele e Maria Brignole Sale, e più di trecento manoscritti provenienti dalla Biblioteca Brignole Sale, donata al Comune dalla Duchessa di Galliera nel 1874, unitamente a Palazzo Rosso e alle collezioni d'arte, e ora in gran parte consevata presso la Biblioteca Berio.
Nel 1973 l'Archivio Storico del Comune ha ricevuto in deposito dall'Amministrazione dell'Istituto di Ricovero "Emanuele Brignole" - l'antico Albergo dei Poveri - l'archivio di tale ente (secc. XVI-XIX).
Nel 1994 l'Archivio storico è stato trasferito a Palazzo Ducale.
Nel 2012 l'Archivio storico del Comune acquisisce la documentazione già raccolta e conservata dal Centro Ligure di storia sociale, che cessa la propria attività in quell'anno: si tratta dei Fondi Alarico Carrassi , CISL Liguria, Centro Ligure di Storia Sociale, Archivio fotoiconografico del Centro Ligure di Storia sociale, Forum antirazzista, Gelasio Adamoli, Perillo Fondo, Antonio Gibelli, Attilio Tonini, Barisone, Cocconi. Coordinamento Donne FLM, Daneo, Giovanni Tosini, Luca Burioni, Poggi, Rodolfo Savelli, Partito Comunista Italiano – PCI. Federazione provinciale di Genova, Partito socialista italiano di unità proletaria - PSIUP. Federazione provinciale di Genova. Per le vicende del Centro Ligure si rinvia alla relativa scheda in qualità di soggetto produttore.
Nella sala di lettura è esposta la "Collezione Pesi e Misure di Genova".

Orario di apertura al pubblico: martedì, mercoledì, giovedì dalle ore 09.00 alle 12.30 e dalle ore 14.00 alle ore 17.00.

(notizie tratte da: Raffaella Ponte (a cura di), Guida all'Archivio Storico del Comune di Genova, Genova, 2000, e dal sito dell'Archivio storico del Comune di Genova)